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Proyecto H2020 NEWCOTIANA: Desarrollo de cultivos multipropósito de Nicotiana para la agricultura molecular mediante nuevas técnicas de fitomejoramiento

  • Tipo Proyecto
  • Estado Completado
  • Ejecución 2018 -2022
  • Presupuesto asignado 7.363.310,00 €
  • Alcance Europeo
  • Comunidad Autónoma Comunitat Valenciana; Extremadura; Madrid, Comunidad de
  • Principal fuente de financiación Horizonte 2020
  • Sitio web del proyecto https://doi.org/10.3030/760331
Descripción

NEWCOTIANA ha avanzado más allá del estado del arte en tecnologías de nucleasa específica de secuencia (SSN) y optimización de plataformas. Hemos desarrollado nucleasas alternativas y métodos más eficientes de edición de genes. 

Para la optimización de la plataforma, el nuevo ensamblaje del genoma de N. benthamiana ha establecido un hito crucial en las biofábricas de plantas que facilitará futuras estrategias de mejoramiento.

La colección ampliada de elementos reguladores representa un avance crucial en la aplicación de la intragénesis en la cría.

Se han obtenido y validado prototipos de líneas Nicotiana que incorporan nuevos y valiosos rasgos de biofactoría a escala de laboratorio y en campo abierto. 

A continuación, estos son brevemente los principales impactos derivados de Newcotiana: 

  • Científico: el proyecto ha desarrollado nuevos recursos para las NBTs. Se ha profundizado en la comprensión de la función génica en las especies de Nicotiana y las interacciones entre el metaboloma y el comportamiento agronómico. 
  • Técnica: se han generado nuevas líneas de prototipos utilizando NBTs y validadas a escala piloto, lo que ha llevado a la selección de variedades vegetales de élite como biofábricas. Estas líneas élite muestran una mejor producción de proteínas recombinantes (mayor calidad y/o rendimiento) o metabolitos de valor añadido. Se han establecido cascadas de biorrefinerías para el uso completo de las biofábricas de tabaco, cumpliendo con los requisitos de la economía circular. 
  • Social: En la UE, alrededor de 60.000 productores de tabaco y otros tantos empleos indirectos se ven amenazados por la disminución de la demanda de tabaco. NEWCOTIANA brindará la oportunidad de mantener esos empleos y generar otros nuevos, revitalizando las zonas rurales donde el tabaco es un cultivo tradicional, así como los nuevos que incorporarán a NEWCOTIANA. 

La escalabilidad de la biofábrica de NEWCOTIANA mejorará la accesibilidad a los productos biofarmacéuticos (vacunas, anticuerpos y otros) cuya disponibilidad está en riesgo debido a los altos costes de fabricación y/o a los largos ciclos de producción. Además, NEWCOTIANA tiene como objetivo proporcionar a la industria, a los responsables políticos y a los consumidores pruebas experimentales que faciliten el proceso de toma de decisiones para la adopción de NBT.

Descripción de actividades

Los científicos de Newcotiana pudieron crear plantas que producen productos biológicos de manera más eficiente y con mejor calidad, como factores de crecimiento humano (hGF) involucrados en la regeneración celular o anticuerpos secretores humanos utilizados para combatir patógenos de la mucosa. Paralelamente, los investigadores lograron enriquecer la composición de las plantas de tabaco en pequeñas moléculas de alto valor añadido, como la anatabina y el escualeno, con aplicaciones en biomedicina como potencial antiinflamatorio y adyuvante de vacunas. 

Uno de los principales resultados del proyecto fue la realización de tres rondas de ensayos a campo abierto (2020-2022) para estudiar el comportamiento agronómico de las nuevas variedades de tabaco. Los resultados de los ensayos fueron alentadores y los rasgos observados en el invernadero se confirmaron en el campo. Las líneas enriquecidas cultivadas en el campo se sometieron a un proceso de biorrefinería optimizado donde, además de anatabina y escualeno, se aislaron otros productos químicos de alto valor de la biomasa de tabaco, dejando los restos para la producción de biogás. 

Otros resultados importantes incluyen (i) la generación de un recurso multiómico para N. benthamiana que incluye ensamblajes de genomas de alta calidad de dos ecotipos, anotaciones genéticas actualizadas, paisajes epigenómicos y de transposones; ii) desarrollo de nuevas herramientas para las NBT, incluidas enzimas CRISPR más eficientes, métodos alternativos para la administración de ARNg, métodos optimizados para la selección de genes y nuevos elementos intragénicos; (iii) generación de líneas de tabaco biofactoriales y no de floración con mejores perfiles de calidad e inocuidad y aumento de la biomasa. Se han creado docenas de líneas de plantas propias, dos de las cuales están destinadas a ser registradas, mientras que se está presentando una patente que cubre varias otras. 

Se han generado modelos tecnoeconómicos para productos proteicos (hGFs, vacunas VLP y anticuerpos) y metabolitos (anatabina y escualeno) y se han explorado escenarios de producción combinados que muestran la potencial viabilidad financiera de algunos de los productos. Se ha fundado una empresa spin-off con el objetivo de explotar la propiedad intelectual derivada del proyecto. Ha habido interacciones constantes con las partes interesadas, incluidos los responsables de la formulación de políticas, las asociaciones de agricultores y la industria, y el público en general. Se han llevado a cabo más de 200 actividades de difusión y comunicación, entre ellas conferencias, talleres, 38 publicaciones científicas (zenodo.org/communities/newcotiana), exposiciones y vídeos (newcotiana.org/videos). Se han elaborado informes sobre las opiniones de las partes interesadas y la percepción pública de los NBT.

Descripción contextual

NEWCOTIANA es un proyecto de investigación que utiliza Nuevas Técnicas de Mejoramiento (NBTs) para desarrollar nuevas variedades de plantas de Nicotiana que producen productos químicos de valor final. Las plantas se pueden utilizar como biofábricas de productos biofarmacéuticos y otros productos químicos de valor añadido a escala agrícola, ofreciendo una solución sostenible para las necesidades de fabricación presentes y futuras. Las especies del género Nicotiana, más específicamente N. tabacum (tabaco cultivado) y N. benthamiana (un pariente australiano), se encuentran entre las biofábricas de plantas más utilizadas debido a sus atributos favorables, como la versatilidad metabólica, la facilidad de cultivo, el alto rendimiento, la disponibilidad de herramientas genéticas para la manipulación de rasgos y el estado no alimenticio, que minimiza la posibilidad de contaminación del suministro de alimentos. 

En contraste con su alta apreciación como biofábrica, el cultivo tradicional de tabaco está en continuo declive en Europa debido, entre otras razones, a la mala reputación de un cultivo que se utiliza principalmente para la fabricación de cigarrillos y otros productos para fumar. NEWCOTIANA tiene como objetivo ofrecer una alternativa a los productores de tabaco mediante la cría de variedades competitivas de biofábrica de Nicotiana para productos no fumadores de alto valor. Sin embargo, para convertirse en biofábricas totalmente competitivas y escalables, las plantas de Nicotiana necesitan incorporar rasgos no convencionales como la estabilidad de las proteínas o la fortificación de metabolitos, que no son accesibles para el mejoramiento tradicional. 

Recientemente, han surgido NBTs que brindan oportunidades sin precedentes para la biotecnología vegetal. La hipótesis rectora de NEWCOTIANA es que la obtención de variedades de tabaco en biofábrica para productos no fumadores de alto valor es posible con el uso de NPBT. Además, los objetivos de NEWCOTIANA incluyen mejorar la conciencia pública y la comprensión de las NBT mediante la creación de un diálogo bidireccional entre la ciencia, por un lado, y las partes interesadas, los responsables políticos y el público en general, por el otro. Los resultados de NEWCOTIANA demuestran el gran potencial de NBT en el desarrollo de nuevos cultivos, específicamente cultivos industriales, en respuesta a los desafíos sociales y agrícolas actuales. En el proyecto se generaron nuevas variedades vegetales de valor añadido con una composición mejorada. Se realizaron ensayos de campo para evaluar el rendimiento agronómico de las nuevas variedades. Se abordaron todas las posibles áreas de preocupación planteadas en el análisis de evaluación de riesgos y no surgieron otros problemas de seguridad de los ensayos. Los objetivos del proyecto fueron percibidos muy positivamente por las partes interesadas y bien recibidos por el público. 

La opinión pública positiva fue el resultado de los beneficios sociales percibidos derivados del proyecto y se vio facilitada por el estado no alimentario del cultivo. A la luz de estos resultados, el consorcio NEWCOTIANA considera que es muy necesario levantar las restricciones actuales basadas en la tecnología en el NBT, y su sustitución por una nueva regulación caso por caso que se centre en los productos, para responder a las necesidades de los productores y al mismo tiempo alinearse con la percepción pública actual.

Objetivos

Un grupo de Nuevas Técnicas de Mejoramiento de Plantas (NPBT) ha abierto oportunidades sin precedentes en la agricultura. Estas NPBT son al menos tan eficientes y, a menudo, más precisas que las técnicas tradicionales y de modificación genética previas, a la vez que evitan la introducción de transgenes hereditarios de especies distantes en el genoma vegetal. Si se comunican adecuadamente, se espera que las NPBT ganen una amplia aceptación, especialmente cuando se apliquen a objetivos de mejoramiento que se consideren beneficiosos para la sociedad. Un objetivo bien percibido es la Agricultura Molecular, que se refiere al uso de plantas para la producción de biomoléculas valiosas (por ejemplo, productos biofarmacéuticos). 

El tabaco cultivado (Nicotiana tabacum) y su pariente australiano cercano, Nicotiana benthamiana, son las especies preferidas en la Agricultura Molecular debido a sus características favorables: cultivos no alimentarios, fácil regeneración tisular, alta productividad, rico metabolismo secundario y disponibilidad de herramientas genéticas. En marcado contraste, el cultivo tradicional de tabaco está en grave declive en la UE, lo que causa graves problemas sociales en muchas zonas rurales. 

NEWCOTIANA busca revitalizar estas áreas mediante el desarrollo de biofábricas eficientes de Nicotiana para productos no fumables de alto valor como alternativas a los cultivos tradicionales de tabaco. NEWCOTIANA desarrollará el conjunto de herramientas más avanzado de NPBT de tabaco, fácilmente transferible a otras plantas. Esto posicionará a la UE a la vanguardia de la innovación en el mejoramiento. Este conjunto de herramientas se utilizará para crear variedades de Nicotiana de élite multipropósito mejoradas en características específicas del producto (calidad, estabilidad y rendimiento del bioproducto), junto con características más generales como biomasa, resiliencia y bioseguridad. 

Las variedades "Newcotiana" se probarán cuidadosamente en entornos preindustriales relevantes para la producción de sustancias químicas de valor final, en concreto proteínas y metabolitos para uso en la salud y nutracéutico. Se supervisarán de cerca los aspectos éticos, sociales y legales, y se garantizará la participación del público y las partes interesadas mediante metodologías innovadoras de comunicación científica.

Resultados

La biotecnología vegetal desempeña un papel emergente en la producción de medicamentos de moléculas pequeñas, productos biológicos (vacunas y terapéuticos) y reactivos de diagnóstico. Ofrece una alternativa escalable y de bajo coste a las plataformas de fabricación tradicionales basadas en células microbianas y animales. Además, puede abordar los desafíos causados por la distribución y el almacenamiento de medicamentos, especialmente en regiones del mundo con cadenas de producción incompletas. Nuevas variedades de plantas de tabaco para la producción de medicamentos Las plantas de tabaco son muy apreciadas como biofábricas de plantas debido a su potencial como fuentes valiosas de compuestos de alto valor. Sin embargo, al estar asociado a la fabricación de productos para fumar, el cultivo del tabaco está en continuo declive en Europa. El proyecto financiado por la UE Newcotiana(Se abre en una ventana nueva).

El proyecto se propuso cambiar esta percepción mediante el desarrollo de variedades competitivas de Nicotiana que puedan utilizarse para productos no fumadores, creando una plataforma de producción adecuada para la bioeconomía de la UE y aportando sostenibilidad a un cultivo tradicional. El consorcio trabajó con dos especies de plantas, Nicotiana tabacum, el tabaco cultivado normalmente, y Nicotiana benthamiana, una especie de tabaco silvestre australiano. Para aprovechar al máximo el potencial de estas especies como biofábricas, los científicos tuvieron que incorporar rasgos específicos asociados con la estabilidad, la sostenibilidad y el rendimiento de compuestos de alto valor. Herramientas para diseñar nuevas características de la planta Dado que no era posible generar estos rasgos a través de los métodos tradicionales de mejoramiento de cultivos, el consorcio desarrolló herramientas para facilitar el mejoramiento acelerado de biofábricas de plantas. «Durante siglos, hemos criado nuestras plantas utilizando técnicas tradicionales de mejora genética para producir más y mejores alimentos, o para resistir a los patógenos, pero no para mejorar las biofábricas de medicamentos», destaca el coordinador del proyecto, Diego Orzáez. 

Nuevas técnicas de mejoramiento, incluida la edición del genoma, mejoraron las plantas para su uso en biofábricas en un tiempo récord. Los investigadores diseñaron plantas de tabaco que no florecen en el campo, pero ahorran la energía para aumentar su biomasa. Además, diseñaron estas plantas para evitar la glicosilación no deseada o para reducir la actividad de la proteasa, dos rasgos implicados en la calidad y funcionalidad de los productos proteicos finales obtenidos de la planta. En varios casos, las plantas fueron modificadas para contener una combinación de estos rasgos especiales. Aplicaciones de las plantas de ingeniería En el caso de la especie de tabaco cultivado N. tabacum, el consorcio enriqueció la composición de la planta en compuestos de valor agregado con uso farmacéutico. Uno de estos compuestos fue escualeno(Se abre en una ventana nueva), una sustancia que actualmente se obtiene principalmente de fuentes no sostenibles (tiburones) y se emplea como adyuvante en muchas formulaciones de vacunas. Los investigadores también produjeron Anatabina(Se abre en una ventana nueva), una molécula relacionada con la nicotina con efectos antiinflamatorios, que se está investigando como un posible tratamiento para diferentes enfermedades autoinmunes. 

La ingeniería de N. benthamiana fue ligeramente diferente, ya que esta planta ya era utilizada por la industria para producir proteínas recombinantes utilizadas en cosméticos y productos farmacéuticos. Los socios de Newcotiana compartieron la secuencia del genoma de N. benthamiana para ayudar a los equipos en el descubrimiento de nuevos productos biofarmacéuticos. Un proceso de biorrefinería de residuo cero Junto con los esfuerzos para mejorar el valor de mercado de estas variedades y tal vez enriquecerlas en moléculas adicionales de alta gama, los investigadores establecieron un procedimiento piloto de biorrefinería de cero residuos. "El objetivo es crear un cultivo y una industria asociada que sea al menos tan rentable como lo era el cultivo de tabaco para fumar", enfatiza Orzáez. "Para ello, la legislación de la UE debe ser más flexible y apoyar la ingeniería de cultivos industriales".

Coordinadores
  • AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Colaboradores
  • IDOASIS 2002 SL
  • QUEENSLAND UNIVERSITY OF TECHNOLOGY - QLD QUT
  • BIOFACTION KG
  • DERMOPARTNERS S.L.
  • FRAUNHOFER GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER ANGEWANDTEN FORSCHUNG EV
  • ASOCIACION EMPRESARIAL DE INVESTIGACION CENTRO TECNOLOGICO NACIONAL AGROALIMENTARIO EXTREMADURA
  • SESDERMA SL
  • NATAC BIOTECH SL
  • AGENZIA NAZIONALE PER LE NUOVE TECNOLOGIE, L'ENERGIA E LO SVILUPPO ECONOMICO SOSTENIBILE
  • JOHN INNES CENTRE
  • KARLSRUHER INSTITUT FUER TECHNOLOGIE
  • NEUTRAL SUPPLY CHAIN LIMITED
  • VIB VZW
  • Philip Morris Products S.A.
  • UNIVERSITAET FUER BODENKULTUR WIEN
  • ST GEORGE'S HOSPITAL MEDICAL SCHOOL
  • LEIBNIZ-INSTITUT FUR PFLANZENBIOCHEMIE
  • THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
  • MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
  • ROYAL HOLLOWAY AND BEDFORD NEW COLLEGE