Projet H2020 NEWCOTIANA : Développement de cultures de Nicotiana polyvalentes pour l'agriculture moléculaire en utilisant de nouvelles techniques de sélection végétale
- Taper Projet
- Statut Rempli
- Exécution 2018 -2022
- Budget alloué 7.363.310,00 €
- Portée Europeo
- Communauté autonome Comunitat Valenciana; Extremadura; Madrid, Comunidad de
- Principale source de financement Horizon 2020
- Site Web du projet https://doi.org/10.3030/760331
NEWCOTIANA a progressé au-delà des technologies de pointe en matière de nucléases séquencées spécifiques (SSN) et d'optimisation de plateformes. Nous avons développé des nucléases alternatives et des méthodes d'édition génétique plus performantes.
Pour l'optimisation de la plateforme, le nouvel assemblage du génome de N. benthamiana a établi une étape cruciale dans les bio-usines végétales qui facilitera les futures stratégies de sélection.
L’élargissement de la collection d’éléments régulateurs représente une avancée cruciale dans l’application de l’intragenèse en sélection.
Des prototypes de lignées Nicotiana intégrant de nouvelles et précieuses caractéristiques de bio-usine ont été obtenus et validés à l'échelle du laboratoire et en plein champ.
Voici les principaux impacts résultant de Newcotiana :
- Scientifique : Le projet a développé de nouvelles ressources pour les NBT. Il a approfondi notre compréhension de la fonction des gènes chez les espèces de Nicotiana et des interactions entre le métabolisme et le comportement agronomique.
- Technique : De nouvelles lignées prototypes ont été générées à l'aide de TBN et validées à l'échelle pilote, ce qui a permis de sélectionner des variétés végétales d'élite comme biousines. Ces lignées d'élite présentent une production améliorée de protéines recombinantes (qualité et/ou rendement supérieurs) ou de métabolites à valeur ajoutée. Des cascades de bioraffinage ont été mises en place pour une pleine valorisation des biousines de tabac, répondant ainsi aux exigences de l'économie circulaire.
- Social : Dans l'UE, environ 60 000 producteurs de tabac et un nombre similaire d'emplois indirects sont menacés par la baisse de la demande. NEWCOTIANA offrira la possibilité de maintenir ces emplois et d'en créer de nouveaux, en revitalisant les zones rurales où le tabac est une culture traditionnelle, ainsi que les nouveaux emplois créés par NEWCOTIANA.
L'évolutivité de la bio-usine de NEWCOTIANA améliorera l'accessibilité des produits biopharmaceutiques (vaccins, anticorps et autres) dont la disponibilité est menacée par des coûts de fabrication élevés et/ou des cycles de production longs. De plus, NEWCOTIANA vise à fournir à l'industrie, aux décideurs politiques et aux consommateurs des données expérimentales pour faciliter la prise de décision en vue de l'adoption du NBT.
Les scientifiques de Newcotiana ont pu créer des plantes produisant des produits biologiques plus efficacement et de meilleure qualité, tels que des facteurs de croissance humains (hGF) impliqués dans la régénération cellulaire ou des anticorps sécrétoires humains utilisés pour lutter contre les agents pathogènes des muqueuses. Parallèlement, les chercheurs ont pu enrichir la composition des plants de tabac avec de petites molécules à haute valeur ajoutée, comme l'anatabine et le squalène, avec des applications en biomédecine comme agents anti-inflammatoires potentiels et adjuvants de vaccins.
L'un des principaux résultats du projet a été la réalisation de trois séries d'essais en plein champ (2020-2022) visant à étudier les performances agronomiques des nouvelles variétés de tabac. Les résultats des essais ont été encourageants et les caractéristiques observées en serre ont été confirmées au champ. Les lignées enrichies cultivées au champ ont subi un processus de bioraffinage optimisé où, outre l'anatabine et le squalène, d'autres composés chimiques de haute valeur ont été isolés de la biomasse de tabac, laissant le résidu pour la production de biogaz.
Français D'autres résultats importants incluent (i) la génération d'une ressource multi-omique pour N. benthamiana, comprenant des assemblages génomiques de haute qualité de deux écotypes, des annotations génétiques mises à jour et des paysages épigénomiques et transposons ; ii) le développement de nouveaux outils pour les NBT, notamment des enzymes CRISPR plus efficaces, des méthodes alternatives pour l'administration d'ARNg, des méthodes optimisées pour le ciblage des gènes et de nouveaux éléments intragéniques ; (iii) la génération de lignées de tabac biofactorielles et non florifères avec des profils de qualité et de sécurité améliorés et une biomasse accrue. Des dizaines de nos propres lignées de plantes ont été créées, dont deux sont ciblées pour l'enregistrement, tandis qu'un brevet couvrant plusieurs autres est en cours de dépôt.
Des modèles technico-économiques ont été générés pour des produits protéiques (hGF, vaccins VLP et anticorps) et des métabolites (anatabine et squalène), et des scénarios de production combinée ont été explorés, démontrant la viabilité financière potentielle de certains produits. Une société dérivée a été créée pour exploiter la propriété intellectuelle issue du projet. Des interactions continues ont eu lieu avec les parties prenantes, notamment les décideurs politiques, les associations d'agriculteurs, l'industrie et le grand public. Plus de 200 activités de sensibilisation et de communication ont été menées, dont des conférences, des ateliers, 38 publications scientifiques (zenodo.org/communities/newcotiana), des expositions et des vidéos (newcotiana.org/videos). Des rapports sur les points de vue des parties prenantes et la perception du public à l'égard des NBT ont été produits.
NEWCOTIANA est un projet de recherche qui utilise de nouvelles techniques de sélection (NBT) pour développer de nouvelles variétés de Nicotiana produisant des produits chimiques finaux à haute valeur ajoutée. Ces plantes peuvent être utilisées comme bio-usines pour la fabrication de produits biopharmaceutiques et d'autres produits chimiques à valeur ajoutée à l'échelle de l'exploitation, offrant ainsi une solution durable aux besoins de production actuels et futurs. Les espèces du genre Nicotiana, notamment N. tabacum (tabac cultivé) et N. benthamiana (un parent australien), comptent parmi les bio-usines végétales les plus utilisées en raison de leurs atouts, tels que leur polyvalence métabolique, leur facilité de culture, leur rendement élevé, la disponibilité d'outils génétiques pour la manipulation des caractères et leur statut non alimentaire, qui minimise le risque de contamination de l'approvisionnement alimentaire.
Malgré sa forte reconnaissance en tant que bio-usine, la culture traditionnelle du tabac connaît un déclin constant en Europe, notamment en raison de la mauvaise réputation d'une culture principalement utilisée pour la fabrication de cigarettes et autres produits à fumer. NEWCOTIANA vise à offrir une alternative aux producteurs de tabac en sélectionnant des variétés bio-usines de Nicotiana compétitives pour des produits sans fumée de grande valeur. Cependant, pour devenir des bio-usines pleinement compétitives et évolutives, les plants de Nicotiana doivent intégrer des caractéristiques non conventionnelles, telles que la stabilité des protéines ou l'enrichissement en métabolites, inaccessibles à la sélection traditionnelle.
Récemment, des NBT ont fait leur apparition, offrant des perspectives sans précédent pour la biotechnologie végétale. L'hypothèse directrice de NEWCOTIANA est que la sélection de variétés de tabac issues de bio-usines pour des produits non-fumeurs à haute valeur ajoutée est possible grâce aux NBT. De plus, NEWCOTIANA vise à sensibiliser et à mieux faire comprendre les NBT au public en créant un dialogue entre la science, d'une part, et les parties prenantes, les décideurs politiques et le grand public, d'autre part. Les résultats de NEWCOTIANA démontrent le grand potentiel des NBT pour le développement de nouvelles cultures, notamment industrielles, en réponse aux défis sociétaux et agricoles actuels. Le projet a généré de nouvelles variétés végétales à valeur ajoutée, présentant une composition améliorée. Des essais en champ ont été menés pour évaluer les performances agronomiques des nouvelles variétés. Tous les points de préoccupation potentiels soulevés lors de l'analyse des risques ont été traités, et aucun autre problème de sécurité n'est apparu lors des essais. Les objectifs du projet ont été très bien perçus par les parties prenantes et bien accueillis par le public.
L'opinion publique positive s'explique par les bénéfices sociaux perçus du projet et a été facilitée par le caractère non alimentaire de la culture. À la lumière de ces résultats, le consortium NEWCOTIANA estime qu'il est impératif de lever les restrictions technologiques actuelles sur le NBT et de les remplacer par une nouvelle réglementation, axée sur les produits et adaptée au cas par cas, afin de répondre aux besoins des producteurs tout en s'alignant sur les perceptions actuelles du public.
Un ensemble de nouvelles techniques de sélection végétale (NPBT) a ouvert des perspectives sans précédent en agriculture. Ces NPBT sont au moins aussi efficaces et souvent plus précises que les techniques traditionnelles et de modification génétique antérieures, tout en évitant l'introduction de transgènes hérités d'espèces éloignées dans le génome végétal. Si elles sont correctement communiquées, les NPBT devraient être largement acceptées, notamment lorsqu'elles sont appliquées à des objectifs de sélection considérés comme bénéfiques pour la société. L'agriculture moléculaire, qui désigne l'utilisation des plantes pour la production de biomolécules de valeur (par exemple, des produits biopharmaceutiques), en est un exemple bien connu.
Le tabac cultivé (Nicotiana tabacum) et son proche parent australien, Nicotiana benthamiana, sont les espèces privilégiées en agriculture moléculaire en raison de leurs caractéristiques favorables : cultures non alimentaires, régénération tissulaire aisée, productivité élevée, métabolisme secondaire riche et disponibilité d'outils génétiques. À l'inverse, la culture traditionnelle du tabac connaît un déclin important dans l'UE, ce qui engendre de graves problèmes sociaux dans de nombreuses zones rurales.
NEWCOTIANA vise à revitaliser ces zones en développant des bio-usines de Nicotiana performantes pour la production de produits non fumables à haute valeur ajoutée, en alternative aux cultures de tabac traditionnelles. NEWCOTIANA développera la boîte à outils NPBT la plus avancée pour le tabac, facilement transposable à d'autres plantes. L'UE sera ainsi à la pointe de l'innovation en matière de sélection. Cette boîte à outils servira à créer des variétés de Nicotiana polyvalentes d'élite, améliorées sur des caractéristiques spécifiques (qualité, stabilité et rendement en bioproduits), ainsi que sur des caractéristiques plus générales telles que la biomasse, la résilience et la biosécurité.
Les variétés « Newcotiana » seront soigneusement testées dans des environnements préindustriels propices à la production de produits chimiques finaux, notamment de protéines et de métabolites destinés à la santé et aux nutraceutiques. Les aspects éthiques, sociaux et juridiques seront suivis de près, et la participation du public et des parties prenantes sera assurée grâce à des méthodes de communication scientifique innovantes.
La biotechnologie végétale joue un rôle émergent dans la production de médicaments à petites molécules, de produits biologiques (vaccins et thérapeutiques) et de réactifs de diagnostic. Elle offre une alternative évolutive et économique aux plateformes de fabrication traditionnelles basées sur des cellules microbiennes et animales. De plus, elle peut répondre aux défis posés par la distribution et le stockage des médicaments, en particulier dans les régions du monde où les chaînes de production sont incomplètes. Nouvelles variétés de plants de tabac pour la production de médicaments. Les plants de tabac sont très prisés comme bio-usines végétales en raison de leur potentiel en tant que sources précieuses de composés à haute valeur ajoutée. Cependant, en raison de son association à la fabrication de produits à fumer, la culture du tabac est en déclin continu en Europe. Le projet Newcotiana, financé par l'UE (ouvre une nouvelle fenêtre).
Français Le projet visait à changer cette perception en développant des variétés compétitives de Nicotiana pouvant être utilisées pour des produits sans fumée, en créant une plateforme de production adaptée à la bioéconomie de l'UE et en apportant de la durabilité à une culture traditionnelle. Le consortium a travaillé avec deux espèces végétales : Nicotiana tabacum, le tabac couramment cultivé, et Nicotiana benthamiana, un tabac sauvage australien. Pour exploiter pleinement le potentiel de ces espèces en tant que biousines, les scientifiques ont dû intégrer des caractéristiques spécifiques associées à la stabilité, à la durabilité et au rendement de composés de haute valeur. Outils pour concevoir de nouvelles caractéristiques végétales Comme il n'était pas possible de générer ces caractéristiques par les méthodes traditionnelles d'amélioration des cultures, le consortium a développé des outils pour faciliter la sélection accélérée de biousines végétales. « Pendant des siècles, nous avons sélectionné nos plantes en utilisant des techniques de sélection traditionnelles pour produire des aliments plus nombreux et de meilleure qualité, ou pour résister aux agents pathogènes, mais pas pour améliorer les biousines pour les médicaments », souligne le coordinateur du projet, Diego Orzáez.
De nouvelles techniques de sélection, notamment l'édition génomique, ont permis d'améliorer les plantes destinées aux bio-usines en un temps record. Les chercheurs ont modifié des plants de tabac qui ne fleurissent pas au champ, mais conservent l'énergie pour augmenter leur biomasse. De plus, ils ont modifié ces plants pour éviter la glycosylation indésirable ou pour réduire l'activité protéase, deux caractéristiques impliquées dans la qualité et la fonctionnalité des produits protéiques finaux obtenus à partir de la plante. Dans plusieurs cas, les plants ont été modifiés pour contenir une combinaison de ces caractéristiques particulières. Applications des plantes modifiées Dans le cas de l'espèce de tabac cultivée N. tabacum, le consortium a enrichi la composition de la plante avec des composés à valeur ajoutée pour un usage pharmaceutique. L'un de ces composés était le squalène (ouvre une nouvelle fenêtre), une substance actuellement obtenue principalement à partir de sources non durables (requins) et utilisée comme adjuvant dans de nombreuses formulations de vaccins. Les chercheurs ont également produit l'Anatabine (ouvre une nouvelle fenêtre), une molécule apparentée à la nicotine aux effets anti-inflammatoires, qui est étudiée comme traitement potentiel de diverses maladies auto-immunes.
L'ingénierie de N. benthamiana était légèrement différente, car cette plante était déjà utilisée par l'industrie pour produire des protéines recombinantes utilisées en cosmétique et en pharmacie. Les partenaires de Newcotiana ont partagé la séquence du génome de N. benthamiana afin d'aider les équipes à découvrir de nouveaux produits biopharmaceutiques. Un procédé de bioraffinage zéro déchet. Parallèlement aux efforts visant à améliorer la valeur marchande de ces variétés et éventuellement à les enrichir avec des molécules haut de gamme supplémentaires, les chercheurs ont mis au point un procédé pilote de bioraffinage zéro déchet. « L'objectif est de créer une culture et une industrie associée au moins aussi rentables que l'était la culture du tabac à fumer », souligne Orzáez. « Pour y parvenir, la législation européenne doit être plus flexible et soutenir l'ingénierie des cultures industrielles. »
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- Livre blanc sur l'évaluation du NPBT pour les futures pratiques d'élevage
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