Proxecto H2020 COMPARE: Plataforma de xestión colaborativa para a detección e análise de brotes (re)emerxentes e de orixe alimentaria en Europa

Hai pouco máis de cinco anos, un consorcio de 29 socios, procedentes de campos científicos moi diferentes, uníronse para recoller mostras, secuencialas, compartir os datos e os metadatos das secuencias e analizar/visualizar os datos, todo dentro dun "parque de xogos" seguro. Cada área tiña a súa propia perspectiva, vocabulario, formas de traballo e prexuízos. Ao final deste gran experimento chamado "COMPARE", demostramos, non só dentro do Consorcio senón tamén máis alá dos seus límites, que, polo menos ata certo punto, pódese definir un sistema común de preparación de mostras e laboratorio, que varios tipos de usuarios poden crear e usar un centro de datos seguro con múltiples formas de cargar secuencias e metadatos, e que os datos combinados poden visualizarse en información procesable e usarse para a detección, vixilancia e monitorización de infeccións clínicas, brotes transmitidos por alimentos e enfermidades infecciosas emerxentes.

Durante as fases iniciais de COMPARE, dedicáronse esforzos significativos á preparación, avaliación e comparación de protocolos para a xeración de datos de mostraxe e secuenciación, así como á creación de infraestruturas informáticas e fluxos de traballo bioinformáticos que permitisen o almacenamento e a análise seguros dos datos de secuenciación. Estas infraestruturas probáronse mediante varios estudos da vida real centrados na microbioloxía clínica, as infeccións transmitidas por alimentos e as enfermidades infecciosas emerxentes. A maioría dos estudos piloto implicaron un só organismo, pero algúns cumpriron o obxectivo final de combinar todos os dominios da vida.

Ademais, exploramos o potencial económico de incluír a secuenciación de nova xeración no diagnóstico, a vixilancia e a detección de brotes, así como as barreiras políticas, legais, éticas e doutro tipo para o intercambio rápido de datos de secuenciación, e tamén fomos unha voz e defensor global do intercambio de datos en beneficio da saúde pública. Ademais dun gran número de logros científicos, documentados por numerosas publicacións científicas, COMPARE estableceu fluxos de traballo estándar, protocolos, probas de anel, centros de intercambio de datos e canles de bioinformática que, tanto durante o proxecto como nos próximos anos, foron e serán utilizados por outros científicos involucrados na secuenciación de nova xeración. Un compoñente clave do proxecto foi a exploración en profundidade das barreiras para o intercambio de datos, tal e como as ven os científicos e os usuarios finais dos datos, o que levou a un código de conduta e modelos de gobernanza acordados que se presentaron moito máis alá de COMPARE.

Polo tanto, o proxecto COMPARE e as solucións establecidas cambiaron o panorama e vemos unha enorme demanda de ferramentas, infraestrutura e centros de datos máis alá.