Projet H2020 COMPARE : Plateforme de gestion collaborative pour la détection et l'analyse des épidémies (ré)émergentes et d'origine alimentaire en Europe

Il y a un peu plus de cinq ans, un consortium de 29 partenaires issus de disciplines scientifiques très différentes s'est réuni pour collecter des échantillons, les séquencer, partager les données et les métadonnées de séquence, et les analyser/visualiser, le tout au sein d'un espace sécurisé. Chaque domaine avait ses propres perspectives, son propre vocabulaire, ses propres méthodes de travail et ses propres biais. Au terme de cette vaste expérience baptisée « COMPARE », nous avons démontré, non seulement au sein du consortium mais aussi au-delà de ses frontières, qu'il était possible, au moins dans une certaine mesure, de définir un système commun de préparation d'échantillons et de laboratoire, de créer et d'utiliser une plateforme de données sécurisée offrant de multiples possibilités de téléchargement de séquences et de métadonnées, et que les données combinées pouvaient être visualisées en informations exploitables et utilisées pour la détection, la surveillance et le suivi des infections cliniques, des épidémies d'origine alimentaire et des maladies infectieuses émergentes.

Durant les phases initiales de COMPARE, des efforts importants ont été consacrés à la préparation, l'évaluation et la comparaison des protocoles d'échantillonnage et de génération de données de séquençage, ainsi qu'à la création d'infrastructures informatiques et de flux de travail bioinformatiques permettant le stockage et l'analyse sécurisés des données de séquençage. Ces infrastructures ont été testées à l'aide de diverses études en conditions réelles portant sur la microbiologie clinique, les infections d'origine alimentaire et les maladies infectieuses émergentes. La plupart des études pilotes portaient sur un seul organisme, mais certaines ont atteint l'objectif ultime de combiner tous les domaines du vivant.

Par ailleurs, nous avons exploré le potentiel économique de l'intégration du séquençage de nouvelle génération dans le diagnostic, la surveillance et la détection des épidémies, ainsi que les obstacles politiques, juridiques, éthiques et autres au partage rapide des données de séquençage. Nous avons également été une voix et un défenseur mondial du partage des données au service de la santé publique. Outre un grand nombre de réalisations scientifiques, documentées par de nombreuses publications scientifiques, COMPARE a établi des flux de travail, des protocoles, des tests interlaboratoires, des centres de partage de données et des pipelines bioinformatiques standardisés qui, pendant le projet et dans les années à venir, ont été et seront utilisés par d'autres scientifiques impliqués dans le séquençage de nouvelle génération. Un élément clé du projet a été l'exploration approfondie des obstacles au partage des données, du point de vue des scientifiques et des utilisateurs finaux, ce qui a conduit à un code de conduite et à des modèles de gouvernance convenus qui ont été présentés bien au-delà de COMPARE.

Par conséquent, le projet COMPARE et les solutions établies ont changé le paysage, et nous constatons une énorme demande d’outils, d’infrastructures et de centres de données au-delà.