Projecte H2020 COMPARE: Plataforma de gestió col·laborativa per a la detecció i anàlisi de brots (re)emergents i de transmissió alimentària a Europa

Fa poc més de cinc anys, un consorci de 29 socis, procedents de camps científics molt diferents, es va reunir per recopilar mostres, seqüenciar mostres, compartir les dades i les metadades de la seqüència, i analitzar/visualitzar les dades, tot això dins d'un "pati d'esbarjo" segur. Cada àrea va venir amb la seva pròpia perspectiva, vocabulari, maneres de treballar i prejudicis. Al final d'aquest gran experiment anomenat 'COMPARE', hem demostrat, no només dins del Consorci, sinó també més enllà dels seus límits, que, almenys fins a cert punt, es pot determinar una preparació comuna de mostres i laboratori, un centre de dades segur amb múltiples maneres de carregar seqüències, així com metadades, pot ser creat i utilitzat per diversos tipus d'usuaris. i que la combinació de dades es pugui visualitzar en informació d'acció i utilitzar-se per a la detecció, la vigilància i el seguiment d'infeccions clíniques, brots transmesos per aliments i malalties infeccioses emergents.

Durant les fases inicials de COMPARE, es van dedicar grans esforços a la preparació, l'avaluació i la comparació de protocols per al mostreig i la generació de dades de seqüenciació, així com a la creació d'infraestructures informàtiques i fluxos de treball bioinformàtics que permetessin l'emmagatzematge i l'anàlisi segur de les dades de seqüenciació. Aquestes infraestructures es van posar a prova fent servir diferents estudis de la vida real centrats en la microbiologia clínica, les infeccions transmeses pels aliments i les malalties infeccioses emergents. La majoria dels estudis pilot van involucrar un sol organisme, però alguns van complir l'objectiu final de combinar tots els dominis de la vida.

A més, hem explorat el potencial econòmic d'incloure la seqüenciació de propera generació en el diagnòstic, la vigilància i la detecció de brots, així com les barreres polítiques, legals, ètiques i altres tipus per a l'intercanvi ràpid de dades de seqüenciació, i també hem estat una veu global i defensora de l'intercanvi de dades en benefici de la salut pública. A més d'un gran nombre de conquestes científiques, documentades per moltes publicacions científiques, COMPARE ha establert fluxos de treball estàndard, protocols, proves d'anell, centres d'intercanvi de dades i canals bioinformàtics que, tant durant el projecte com en els propers anys, han estat i seran utilitzats per altres científics involucrats en la seqüenciació de propera generació. Un component clau del projecte ha estat l'exploració profunda de les barreres per a l'intercanvi de dades, tal com ho veuen els científics i usuaris finals de les dades, i ha portat a un codi de conducta i models de governança acordats que s'han presentat molt més enllà de COMPARE.

Per tant, el projecte COMPARE i les solucions establertes han suposat un canvi al panorama i veiem una gran demanda d'eines, infraestructures i centres de dades més enllà.