H2020 COMPARE proiektua: Europan (ber)sortzen diren eta elikagaien bidezko agerraldiak detektatu eta aztertzeko kudeaketa-plataforma kolaboratiboa
- Mota Proiektua
- Egoera Bete
- Exekuzioa 2014 -2019
- Esleitutako Aurrekontua 20.847.771,00 €
- Eremua Europeo
- Autonomia-erkidegoa Castilla - La Mancha
- Finantza-iturri nagusia Horizonte 2020
- Proiektuaren webgunea https://www.compare-europe.eu/
COMPAREk proiektu honetatik haratago iritsiko diren estandarrak ezarri ditu. Eremu-laborategi askok COMPARE markako funtzionamendu-prozedura estandarrak hartzen ari dira, partzuergoen arteko eraztun-analisiak oso eskatuak dira, eta analisi hauek kanpoko erabiltzaileentzat ireki eta Global Microbial Identifier Alliance-ren bidez sustatu dira (www.globalmicrobialidentifier.org). Beste funtsek ere lagunduko dituzte neurri handi batean, eta OMEk eta FAOk ere onartu dituzte. EBk finantzatutako beste partzuergo batzuetatik (RECODID) eskaerak jaso dira datuak sortzeko eta aztertzeko etorkizuneko erronkak moldatzen laguntzeko, eta datu-gunearen kontzeptua GLOPID-R koalizioaren misioa potentzialki laguntzeko eredu gisa aurkeztu da. COMPARE bioinformatika-tresna eta -bide batzuk ez daude publikoki eskuragarri mundu mailako komunitate zientifikoarentzat bakarrik, baizik eta mundu osoko pertsonek atzitzen dituzten web zerbitzu gisa funtzionatzen jarraitzen dute.
VEO proiektuak datu-integrazio plataforma berrien garapen gehiago aurreikusten du, COMPARE proiektuak ezarritako oinarrietan oinarrituta. ECRAID proiektuak, Europan entsegu klinikoen azpiegituretarako eredu jasangarri bat eraikitzea helburu duenak, datu-gune kontzeptuaren eta haren gobernantzaren balizko erabilgarritasuna ere aztertzen du. Gizartearentzat dituen ondorio zuzenak zailak dira kuantifikatzen, baina ez dugu zalantzarik COMPAREk egindako aurrerapen zientifikoek hurrengo belaunaldiko sekuentziazioaren erabilera hobetu dutela eta hobetzen jarraituko dutela diagnostiko azkarra, patogenoak identifikatzeko, zaintzeko eta agerraldiak detektatzeko, pazienteei eta gizarte osoari mesede eginez.
Duela bost urte baino gehiago, zientzia-arlo oso desberdinetako 29 bazkidek osatutako partzuergo bat elkartu zen laginak biltzeko, laginak sekuentziatzeko, datuak eta sekuentzien metadatuak partekatzeko eta datuak aztertzeko/ikusteko, guztia "jolastoki" seguru batean. Eremu bakoitzak bere ikuspegia, hiztegia, lan egiteko moduak eta alborapenak zituen. "COMPARE" izeneko esperimentu handi honen amaieran, frogatu dugu, ez bakarrik Partzuergoaren barruan, baita bere mugetatik kanpo ere, neurri batean behintzat, lagin eta laborategiko prestaketa sistema komun bat definitu daitekeela, sekuentziak eta metadatuak igotzeko hainbat modu dituen datu-gune seguru bat sortu eta erabiltzaile mota desberdinek erabil dezaketela, eta datu konbinatuak informazio erabilgarrian bistaratu eta infekzio klinikoak, elikagaien bidezko agerraldiak eta gaixotasun infekzioso berriak detektatzeko, zaintzeko eta monitorizatzeko erabil daitezkeela.
COMPARE-ren hasierako faseetan, ahalegin handiak egin ziren laginketa eta sekuentziazio datuak sortzeko protokoloak prestatzen, ebaluatzen eta alderatzen, baita sekuentziazio datuak modu seguruan biltegiratzea eta aztertzea ahalbidetuko zuten azpiegitura informatikoak eta bioinformatika-lan-fluxuak sortzen ere. Azpiegitura horiek mikrobiologia klinikoan, elikagaien bidezko infekzioetan eta gaixotasun infekzioso emergenteetan oinarritutako hainbat ikerketa errealen bidez probatu ziren. Ikerketa pilotu gehienek organismo bakar bat hartu zuten barne, baina batzuek bizitzaren domeinu guztiak konbinatzeko azken helburua bete zuten.
Gainera, hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa diagnostikoan, zaintzan eta agerraldien detekzioan sartzearen potentzial ekonomikoa aztertu dugu, baita sekuentziazio-datuak azkar partekatzeko oztopo politiko, legal, etiko eta bestelakoak ere, eta osasun publikoaren onurarako datuak partekatzearen aldeko ahots eta defendatzaile globala ere izan gara. Argitalpen zientifiko ugarik dokumentatutako lorpen zientifiko ugariz gain, COMPAREk lan-fluxu estandarrak, protokoloak, eraztun-probak, datuak partekatzeko zentroak eta bioinformatika-bideak ezarri ditu, eta proiektuan zehar eta datozen urteetan hurrengo belaunaldiko sekuentziazioan parte hartzen duten beste zientzialari batzuek erabiliko dituzte eta erabiliko dituzte. Proiektuaren osagai nagusietako bat datuak partekatzeko oztopoen azterketa sakona izan da, zientzialariek eta datuen azken erabiltzaileek ikusitako moduan, eta horrek jokabide-kode adostu bat eta gobernantza-ereduak ekarri ditu, COMPAREtik haratago aurkeztu direnak.
Beraz, COMPARE proiektuak eta ezarritako irtenbideek paisaia aldatu dute, eta tresnen, azpiegituren eta datu-zentroen eskaera handia ikusten dugu hortik haratago.
COMPARE diziplina anitzeko ikerketa-sare bat da, eta mundu mailan lotutako datuak eta informazioa trukatzeko plataforma bat aurreikusten du, gaixotasun infekzioso berriak eta elikagaien bidezko agerraldiak azkar identifikatzeko, kontrolatzeko eta arintzeko. COMPAREren helburu nagusiak hauek izan ziren:
- Gaixotasun infekzioso emergenteak eta elikagaien bidezko agerraldiak azkarrago identifikatzea, kontrolatzea eta arintzea hobetzea.
- Sektore arteko eta patogeno arteko analisi-esparru bat eta mundu mailan lotutako datuak eta informazioa trukatzeko plataforma bat garatuz.
- Estrategia, tresna, teknologia eta metodo aurreratuenak integratzen ditu sekuentzian oinarritutako patogenoen datuak biltzeko, prozesatzeko eta aztertzeko, lotutako datuekin (klinikoak, epidemiologikoak eta bestelakoak) konbinatuta.
- Giza osasunaren, animalien osasunaren eta elikagaien segurtasunaren arloetan agintaritza eskudunentzat eta beste erabiltzaile batzuentzat informazio erabilgarria sortzeko.
COMPAREk helburu guztiak arrakastaz bete ditu eta, proiektuaren amaieran, laginketa, datuak sortzeko eta aztertzeko SOP integralak ezarri ditu, baita datuak partekatzeko datu-guneak ere. Lan-fluxuak jada erabili dira zaintzarako, ikerketa klinikoetarako eta agerraldien detekziorako, eta etorkizunean ere erantzun kliniko eta osasun publikokoetan integratuko dira, tokiko eta mundu mailako giza eta animalien osasuna hobetuz. Garatutako tresnak eta azpiegitura EBko proiektu berrien bidez (ECRAID, RECODID, VEO) aurrerapen berriak gehituko dituzte, oinarrizko kontzeptu berdinetan oinarrituta.
COMPARE-k teknologia molekularrean egindako aurrerapen azkarrak aprobetxatzea du helburu, gaixotasun infekzioso emergenteak eta elikagaien bidezko agerraldiak identifikatzeko eta arintzeko. Horretarako, COMPARE-k "Bakarrik Guztientzat Zerbitzatzen Du" analisi-esparru bat eta datuak partekatzeko plataforma bat ezarriko ditu, patogenoen sekuentzian oinarritutako datuen denbora errealeko analisia eta interpretazioa ahalbidetuko duena, lotutako datuekin (adibidez, datu kliniko eta epidemiologikoak) konbinatuta, sektore arteko, diziplina arteko eta nazioarteko "Osasun Bakarra" ikuspegi integratu batean.
Esparruak Europan eta beste leku batzuetan giza osasunean, animalien osasunean eta elikagaien segurtasunean jarduten duten ikerketa, erakunde kliniko eta osasun publikoko erakundeak lotuko ditu, honako hauek garatzeko:
- Arriskuen ebaluazio integratua eta arriskuetan oinarritutako lagin eta datuen bilketa.
- Sekuentzia konparagarriak eta lotutako datuak sortzeko lan-fluxu harmonizatuak.
- Punta-puntako analisi-lan-fluxu eta -tresnek informazio baliagarria sortzen dute pazienteen agerraldien diagnostikoa, tratamendua, detekzioa eta ikerketa laguntzeko.
- Arriskuen komunikazio tresnak.
Analisi-lan-fluxuak datu eta informazio plataforma malgu, eskalagarri eta kode irekiko batera lotuta egongo dira, eta horrek patogenoen sekuentzian oinarritutako datuak azkar partekatzea, kontsultatzea eta aztertzea ahalbidetuko du, lotutako beste datu batzuekin konbinatuta. Sistema osagarri diren eta etorkizuneko sistemetara, sareetara eta datu-baseetara lotuta egongo da, hala nola ECDC, NCBI eta EFSAk erabiltzen dituztenetara.
Sistemaren funtzionalitateak probatu eta findu egingo dira lehentasunezko patogenoei buruzko ikerketa-azterketak lagunduz, osasun-laguntzarekin lotutako infekzioak, elikagaien bidezko gaixotasunak eta epidemia edo pandemia potentziala duten (ber)sortzen ari diren (zoonotikoak) gaixotasunak barne hartuta.
Proiektu osoan zehar, erabiltzaile potentzialekin kontsulta zabalak egingo dira, datu irekiak partekatzeko oztopoei buruzko ikerketak, dibulgazio eta prestakuntza jarduerak eta sistemaren kostu-eraginkortasunari buruzko ikerketak egingo dira, eta horrek guztiak etorkizuneko erabiltzaileen adopzio jasangarria lortzen lagunduko du.
- DANMARKS TEKNISKE UNIVERSITET
- UNIVERSITEIT ANTWERPEN
- THE SECRETARY OF STATE FOR ENVIRONMENT, FOOD AND RURAL AFFAIRS
- THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
- STIFTUNG TIERAERZTLICHE HOCHSCHULE HANNOVER
- ROBERT KOCH-INSTITUT
- FRIEDRICH LOEFFLER INSTITUT - BUNDESFORSCHUNGSINSTITUT FUER TIERGESUNDHEIT
- STATENS SERUM INSTITUT
- GENOME RESEARCH LIMITED
- EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
- UNIVERSITATSKLINIKUM BONN
- ARISTOTELIO PANEPISTIMIO THESSALONIKIS
- RESPONSIBLE TECHNOLOGY
- ISTITUTO SUPERIORE DI SANITA
- ARTEMIS BIO-SUPPORT B.V.
- CIVIC CONSULTING GMBH
- FONDATION MERIEUX
- RIJKSINSTITUUT VOOR VOLKSGEZONDHEID EN MILIEU
- CHARITE - UNIVERSITAETSMEDIZIN BERLIN
- HUN-REN WIGNER FIZIKAI KUTATOKOZPONT
- LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ-DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH
- INSTITUT FRANCAIS DE RECHERCHE POUR L'EXPLOITATION DE LA MER
- UNIVERSIDAD DE CASTILLA - LA MANCHA
- ALMA MATER STUDIORUM - UNIVERSITA DI BOLOGNA
- ERASMUS UNIVERSITEIT ROTTERDAM
- ERASMUS UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM ROTTERDAM
- THE AUSTRALIAN NATIONAL UNIVERSITY
- ACADEMISCH MEDISCH CENTRUM BIJ DE UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM
- AGENCE NATIONALE DE LA SECURITE SANITAIRE DE L ALIMENTATION DE L ENVIRONNEMENT ET DU TRAVAIL
- THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
- Proiektuaren webgunea (CORDIS)
- CORDIS proiektuaren fitxa (pdf)
- E-ikaskuntzako materialak
- Liburuxka eta txantiloiak
- DANMARKS TEKNISKE UNIVERSITET webgunea
- UNIVERSITEIT ANTWERPEN webgunea
- INGURUMENAREN, ELIKADURAREN ETA LANDA GAIETARAKO ESTATU IDAZKARIAREN webgunea
- CAMBRIDGEKO UNIBERTSITATEKO KENTZILE, MAISTU ETA IKASLEEN webgunea
- STIFTUNG TIERAERZTLICHE HOCHSCHULE HANNOVER webgunea
- ROBERT KOCH INSTITUTUAREN webgunea
- FRIEDRICH LOEFFLER INSTITUT - BUNDESFORSCHUNGSINSTITUT FUER TIERGESUNDHEIT-ren …
- STATENS SERUM INSTITUT webgunea
- GENOME RESEARCH LIMITED webgunea
- EUROPAKO BIOLOGIA MOLEKULARRAREN LABORATEGIAREN webgunea
- UNIVERSITATSKLINIKUM BONN webgunea
- ARISTOTHELIUS PANEPISTIMIO THESSALONIKIS-en webgunea
- ISTITUTO SUPERIORE DI SANITAren webgunea
- ARTEMIS BIO-SUPPORT BV-ren webgunea
- MERIEUX FUNDAZIOAREN webgunea
- RIJKINSTITUUT VOOR VOLKSGEZONDHEID EN MILIEU webgunea
- CHARITE webgunea - UNIVERSITAETSMEDIZIN BERLIN
- HUN-REN WIGNER FIZIKAI KUTATOKOZPONT webgunea
- LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ-DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GM…
- INSTITUT FRANCAIS DE RECHERCHE POUR L'EXPLOITATION DE LA MER webgunea
- Gaztela-Mantxako Unibertsitatearen webgunea
- ALMA MATER STUDIORUM - UNIVERSITA DI BOLOGNA webgunea
- ERASMUS UNIBERTSITATEA ROTTERDAM-EN webgunea
- ERASMUS UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM ROTTERDAM webgunea
- AUSTRALIAKO UNIBERTSITATE NAZIONALAREN webgunea
- ACADEMISCH MEDISCH CENTRUM BIJ DE UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM webgunea
- AGENCE NATIONALE DE LA SECURITE SANITAIRE DE L ALIMENTATION DE L ENVIRONNEMENT …
- EDINBURGHKO UNIBERTSITATEAREN webgunea
Lotutako proiektuak
