Proyecto H2020 G2P-SOL: Vinculación de recursos genéticos, genomas y fenotipos de cultivos de solanáceas.

Inventario y conservación: Se ha desarrollado un sistema común de descriptores para los cuatro cultivos. Se han recopilado los datos de pasaporte y fenotípicos existentes, incluyendo imágenes, para aproximadamente 55.000 accesiones de los cuatro cultivos, como se detalla en la Tabla 1: Todos los datos se han cargado en la pasarela G2P-SOL (http://www.g2p-sol.eu/G2P-SOL-gateway.html) y son de acceso público para todos los usuarios desde el 1 de enero de 2020. Descripción y evaluación Se han optimizado protocolos de genotipado de baja densidad, capaces de puntuar de 2.000 a 5.000 loci genéticos, y se han utilizado para genotipar aproximadamente 38.000 accesiones y líneas de premejora de los cuatro cultivos, como se detalla en la Tabla 2. Los datos se han añadido a la pasarela G2P-SOL. 

Los datos del pimiento son públicos, los de los otros tres cultivos se harán públicos tras la publicación de los artículos relativos. Cinco colecciones núcleo (tomate, berenjena, pimiento, papas sudamericanas y europeas), compuestas por 300-400 individuos cada una y que representan la diversidad global o (en el caso de la papa) regional de estos cultivos, se han construido sobre la base de parámetros fenotípicos y los datos de genotipado de baja densidad, y se distribuyeron a los socios de fenotipado. Se han realizado al menos dos ensayos de campo/cultivo para las cinco colecciones núcleo. El fenotipado se ha realizado utilizando protocolos comunes y se ha completado el perfil metabólico para tomate, berenjena y pimiento. También se han realizado ensayos para caracteres seleccionados de resistencia al estrés biótico/abiótico. Las colecciones núcleo de tomate y berenjena se han resecuenciado a una profundidad de 20x, mientras que las de papa y pimiento se han sometido a genotipado de alta densidad. Además, 16 genotipos de pimiento, 47 accesiones silvestres de berenjena, 30 de papa y 42 de tomate se resecuenciaron a una profundidad de 20x-40x, para un total de más de 5 terabases. La resecuenciación de las colecciones centrales de tomate y berenjena generó, respectivamente, 30,1 millones y 51,6 millones de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), de los cuales, tras el filtrado, 1,02 millones y 1,32 millones se utilizaron para el mapeo de asociaciones genómicas. El número de SNP fue mucho menor en el pimiento y la patata, sometidos a GBS (Tabla 3). 

Estos SNP se utilizaron junto con decenas (patata) o centenas (tomate, berenjena, pimiento) de caracteres medidos en las colecciones centrales para estudios de asociación genómicas, generando miles de asociaciones SNP/caracteres altamente significativas. Pre-mejoramiento. Más de 50 poblaciones segregantes de los cuatro cultivos, derivadas de cruces intra o interespecíficos, están siendo evaluadas para una variedad de nuevos rasgos relacionados con la calidad y la resistencia a enfermedades. 

Un número de rasgos agronómicos conocidos han sido introgresados en un nuevo germoplasma de élite en una primera ola de premejoramiento, y un número de nuevos rasgos han sido validados para su uso en una segunda ola de premejoramiento, como se detalla a continuación. El número de estos rasgos está muy por encima de los 2-3 rasgos/cultivo que se planearon inicialmente. Berenjena: conocido 6; nuevo 11; Pimiento: conocido 6; nuevo 7; Tomate: conocido 8; nuevo 3; Papa: conocido 3; nuevo 4. (Tabla 4). Difusión, valorización y capacitación Los resultados del proyecto han sido difundidos, hasta ahora, a través de 69 comunicados de prensa, la participación en 36 conferencias/talleres/eventos científicos y 52 artículos científicos revisados por pares y de acceso abierto. Puede consultar una lista de todas las publicaciones en el sitio web de G2P-SOL ( http://www.g2p-sol.eu/Publications.html ). Se han organizado dos cursos de formación inicial sobre el uso de recursos genéticos, en Hyderabad (India) y Lima (Perú), respectivamente, y dos cursos de formación avanzada en Wageningen (Países Bajos) y en línea. El taller final del proyecto ( http://www.g2p-sol.eu/G2P%2DSOL%2DFinal%2DWorkshop.html ) atrajo a más de 1000 participantes de 61 países (Figura 1). La cuenta de Twitter del proyecto (@solgenetics) cuenta con más de 300 seguidores.