Projecte H2020 G2P-SOL: Vinculació de recursos genètics, genomes i fenotips de cultius de solanàcies.

Inventari i conservació: S'ha desenvolupat un sistema comú de descriptors per als quatre cultius. S'han recopilat les dades de passaport i fenotípics existents, incloent-hi imatges, per a aproximadament 55.000 accessions dels quatre cultius, com es detalla a la Taula 1: Totes les dades s'han carregat a la passarel·la G2P-SOL (http://www.g2p-sol.eu/G2P-SOL-gateway. 2020. Descripció i avaluació S'han optimitzat protocols de genotipat de baixa densitat, capaços de puntuar de 2.000 a 5.000 loci genètics, i s'han utilitzat per genotipar aproximadament 38.000 accessions i línies de premillora dels quatre cultius, com es detalla a la Taula.

Les dades del pebrot són públiques, les dels altres tres cultius es faran públiques després de la publicació dels articles relatius. Cinc col·leccions nucli (tomàquet, albergínia, pebrot, papes sud-americanes i europees), compostes per 300-400 individus cadascuna i que representen la diversitat global o (en el cas de la papa) regional d'aquests cultius, s'han construït sobre la base de paràmetres fenotípics i les dades de genotipat de distribució de baixa de. S'han realitzat almenys dos assaigs de camp/cultiu per a les cinc col·leccions del nucli. El fenotipat s'ha fet utilitzant protocols comuns i s'ha completat el perfil metabòlic per a tomàquet, albergínia i pebrot. També s'han fet assaigs per a caràcters seleccionats de resistència a l'estrès biòtic/abiòtic. Les col·leccions nucli de tomàquet i albergínia s'han resseqüenciat a una profunditat de 20x, mentre que les de papa i pebrot s'han sotmès a genotipat d'alta densitat. A més, 16 genotips de pebrot, 47 accessions silvestres d'albergínia, 30 de papa i 42 de tomàquet es van resseqüenciar a una profunditat de 20x-40x, per a un total de més de 5 terabases. La resseqüenciació de les col·leccions centrals de tomàquet i albergínia va generar, respectivament, 30,1 milions i 51,6 milions de polimorfismes d'un sol nucleòtid (SNP), dels quals, després del filtratge, 1,02 milions i 1,32 milions es van utilitzar per al mapeig d'associacions genòmiques. El nombre d'SNP va ser molt menor al pebrot i la patata, sotmesos a GBS (Taula 3).

Aquests SNP es van utilitzar juntament amb desenes (patata) o centenes (tomàquet, albergínia, pebrot) de caràcters mesurats a les col·leccions centrals per a estudis d'associació genòmiques, generant milers d'associacions SNP/caràcters altament significatives. Premillorament. Més de 50 poblacions segregants dels quatre cultius, derivades de creus intra o interespecífiques, estan sent avaluades per a una varietat de nous trets relacionats amb la qualitat i la resistència a malalties.

Un nombre de trets agronòmics coneguts han estat introgressats en un nou germoplasma d'elit en una primera onada de premillorament, i un nombre de nous trets han estat validats per utilitzar-lo en una segona onada de premillorament, com es detalla a continuació. El nombre daquests trets està molt per sobre dels 2-3 trets/cultiu que es van planejar inicialment. Albergínia: conegut 6; nou 11; Pebrot: conegut 6; nou 7; Tomàquet: conegut 8; nou 3; Papa: conegut 3; nou 4. (Taula 4). Difusió, valorització i capacitació Els resultats del projecte han estat difosos, fins ara, a través de 69 comunicats de premsa, la participació a 36 conferències/tallers/esdeveniments científics i 52 articles científics revisats per parells i d'accés obert. Podeu consultar una llista de totes les publicacions al lloc web de G2P-SOL ( http://www.g2p-sol.eu/Publications.html ). S'han organitzat dos cursos de formació inicial sobre l'ús de recursos genètics, a Hyderabad (Índia) i Lima (Perú), respectivament, i dos cursos de formació avançada a Wageningen (Països Baixos) i en línia. El taller final del projecte ( http://www.g2p-sol.eu/G2P%2DSOL%2DFinal%2DWorkshop.html ) va atreure més de 1000 participants de 61 països (Figura 1). El compte de Twitter del projecte (@solgenetics) compta amb més de 300 seguidors.