Proxecto H2020 HoloFood: unha solución holística para mellorar a produción de pensos para animais mediante a deconstrución das interaccións biomoleculares entre pensos, microorganismos intestinais e animais en relación cos parámetros de rendemento.
- Tipo Proxecto
- Estado Cheo
- Execución 2019 -2023
- Orzamento asignado 10.825.325,00 €
- Ámbito Europeo
- Comunidade Autónoma Cataluña; País Vasco
- Fonte principal de financiamento Horizonte 2020
- Páxina web do proxecto https://www.holofood.eu/
Desde os residentes rurais que crían galiñas de curral ata os agricultores con miles de cabezas de gando, a saúde animal é a primeira prioridade. O proxecto HoloFood, financiado pola UE, empregará unha nova abordaxe do holoxenoma para estudar a saúde animal tendo en conta a súa paisaxe bioquímica e o seu microbioma. O proxecto centrarase no salmón e no polo, dous sistemas animais de granxa de importancia crítica. Caracterizará non só os xenomas, transcriptomas e metabolomas dos seus microorganismos asociados, senón tamén como o microbioma interactúa cos xenomas e transcriptomas dos animais dentro do novo marco holonómico en relación cos índices clave de rendemento e as cuestións de benestar animal. Esta información empregarase para optimizar os aditivos para pensos adaptándoos aos antecedentes xenéticos e á etapa de desenvolvemento dos animais. HoloFood introduciu un novo concepto de holoxenoma aplicado aos sectores da produción de animais terrestres e mariños e dos aditivos para pensos.
O deseño e a implementación de ensaios holómicos en animais para a cría de salmón e galiñas, así como a información e os tipos de datos recollidos, proporcionan un recurso tremendo e único non só para os obxectivos de HoloFood, senón para calquera estudo holómico futuro que teña como obxectivo mellorar calquera outro sistema de cría de animais. Todos os deseños de ensaios, protocolos de laboratorio e xeración de datos, así como as canles de análise de datos e as integracións creadas e executadas ata o de agora están incluídos no libro de traballo público de HoloFood, e todos os conxuntos de datos ómicos están organizados no portal de datos públicos de HoloFood. A estreita colaboración de expertos de todos os beneficiarios de HoloFood, tanto de institucións de investigación como de socios da industria, significa que os resultados do proxecto HoloFood xa se están a utilizar, especialmente dentro da industria da cría de salmón. Este proxecto vai máis alá do estado da arte, introducindo e implementando as últimas tecnoloxías e coñecementos e integrando experiencia interdisciplinar en todos os paquetes de traballo para acadar os seus obxectivos.
Neste sentido, HoloFood demostrou un inmenso potencial de innovación tanto nos sistemas do polo como do salmón, descubrindo coñecementos biolóxicos que eran descoñecidos e inesperados ao comezo do proxecto HoloFood. As estratexias futuras para optimizar as funcións do microbioma nos polos deberían aproveitar os novos coñecementos de HoloFood sobre a interacción directa entre certas especies bacterianas e o crecemento xeral do hóspede do polo. Do mesmo xeito que para o salmón, agora mapeamos as bacterias que se producen de forma natural nos microbiomas do salmón, de diversidade inesperadamente baixa. Como tal, os nosos resultados para o salmón proporcionan un repositorio completamente novo para identificar e desenvolver mellores pre- e/ou probióticos no futuro que estean en liña coas especies naturais con máis probabilidades de establecer colonias sans no ambiente intestinal do salmón.
Desenvolvemos un novo marco para a alimentación sostible do salmón empregando unha abordaxe de xenoma completo. Con isto implementado, as nosas análises holoómicas integrativas elucidaron vínculos ocultos entre as capacidades metabólicas bacterianas e o crecemento animal, e identificaron vínculos mecanísticos entre o desenvolvemento do microbioma e a propagación de Campylobacter nas galiñas. Ademais, no caso do salmón, fixemos dous descubrimentos importantes, incluído o primeiro mapeo metaxenómico completo do potencial funcional total e a composición central da súa microbiota intestinal. En segundo lugar, demostramos o valor de analizar o metatranscriptoma para revelar diferenzas funcionais entre comunidades de microbioma que doutro xeito son idénticas na composición de especies.
Os nosos socios industriais están a realizar máis estudos para aproveitar os achados no contexto da produción de polo e salmón. En canto á difusión e a explotación, xa están completadas ou en preparación varias publicacións revisadas por pares, e a nosa presenza activa nos medios, incluídos boletíns e vídeos informativos, e a participación en eventos de difusión locais, europeos e globais permitiu unha difusión xeneralizada dos resultados. Tamén desenvolvemos un portal e un libro de traballo de datos HoloFood, dous recursos públicos importantes que permiten unha maior exploración dos conxuntos de datos ou o deseño de novos experimentos fóra do alcance desta IA. Ademais, en setembro de 2022, celebramos a primeira Conferencia de Holoxenómica Aplicada, que atraeu a 300 participantes do ámbito académico e da industria, e planeamos continuala en 2024 en Copenhague.
Garantir que a produción de alimentos siga sendo sostible e, ao mesmo tempo, satisfaga as necesidades dunha poboación crecente é un reto clave que debe superarse. Os microorganismos intestinais desempeñan un papel fundamental na saúde e o benestar dos animais, e unha microbiota intestinal equilibrada é esencial para unha produción óptima de pensos. Demostrouse que os aditivos para pensos son eficaces na modulación dos microbiomas en moitos sistemas, aínda que a súa eficacia varía a miúdo. Unha das razóns probables que subxace a esta inconsistencia é o coñecemento limitado que temos sobre os seus medios de acción específicos. Idealmente, as empresas de aditivos para pensos poderían empregar experimentos in vitro e in vivo para probar as propiedades e os beneficios do aditivo.
Non obstante, a capacidade informativa destas abordaxes é limitada, xa que a resposta in vivo dos microorganismos pode ser radicalmente diferente das condicións in vitro, xa que os microorganismos de interese atópanse en diferentes condicións fisicoquímicas e poderían interactuar con centos doutros taxons microbianos, así como co hóspede. Polo tanto, a mellora dos aditivos para pensos adoita depender de abordaxes de ensaio e erro, o que limita o desenvolvemento dunha comprensión completa das razóns do éxito ou fracaso dos aditivos. En consecuencia, os procedementos para mellorar os produtos de aditivos para pensos son ineficientes e é pouco probable que se poidan atopar produtos realmente óptimos sen modificar drasticamente a abordaxe adoptada. HoloFood supera estas limitacións aproveitando os desenvolvementos computacionais e de laboratorio de última xeración para proporcionar información directa sobre os efectos das interaccións biomoleculares entre os aditivos para pensos, os microorganismos intestinais e os hóspedes na produción de alimentos. Isto conseguiuse mediante a implementación dun novo marco holómico, que aproveita a diminución do custo de xerar conxuntos de datos ómicos, xunto con métodos biomoleculares e estatísticos de vangarda.
HoloFood baséase en dúas observacións:
- Os animais e os seus microorganismos asociados compórtanse de xeito diferente dependendo do ambiente e da etapa de desenvolvemento do animal.
- Moitos procesos biolóxicos dos animais e os seus microorganismos asociados vense afectados, ou mesmo condicionados, polo outro socio da simbiose.
Isto implica que o efecto de calquera aditivo para a alimentación animal podería diferir dependendo dos antecedentes xenómicos e da etapa de desenvolvemento do animal, da composición do microbioma e do ambiente de produción. O noso marco analiza os xenomas, transcriptomas e metabolomas dos animais e os seus microorganismos intestinais asociados, e logo vincúlaos coa saúde e a fisioloxía animal, así como cos parámetros de rendemento da produción de alimentos. Para mostrar o potencial dos diferentes sistemas de produción de alimentos e medir o impacto comercial e social da nosa abordaxe, HoloFood realizou ensaios a escala comercial con aves de curral e salmón que analizaron as interaccións biomoleculares entre microorganismos e animais alimentados con diferentes aditivos para a alimentación en relación cos parámetros de produción de alimentos relacionados coa cantidade, a calidade e a seguridade dos alimentos, así como coa sustentabilidade e o benestar da produción de alimentos.
Ao comprender os efectos fisiolóxicos das interaccións biomoleculares que se producían ao administrar diferentes aditivos para pensos, HoloFood optimizou o seu uso adaptando a súa administración ao contexto xenómico e ao microbioma intestinal dos animais, así como ao ambiente agrícola. Como tal, o obxectivo era aumentar a eficiencia dos aditivos para pensos e, polo tanto, mellorar os produtos alimenticios finais. No futuro, cremos que outros sistemas de produción de alimentos poderían optimizarse mediante estas abordaxes holómicas. Deste xeito, HoloFood actuará como paradigma para as abordaxes e, ao facelo, fomentará a creación de empregos relacionados coa investigación científica e o sector alimentario, tanto para as empresas produtoras como para as industrias asociadas. Ademais, os recursos abertos e a dispoñibilidade de datos resultantes do proxecto HoloFood serán de valor para as partes interesadas da investigación e da industria máis alá do prazo do proxecto.
A optimización da produción de alimentos non só é de interese comercial para as empresas, senón que, tendo en conta que a poboación mundial se achega aos nove mil millóns, tamén é de crucial importancia para a humanidade. A produción de alimentos de orixe animal pódese optimizar modulando os microbiomas asociados aos animais mediante o uso de aditivos para pensos como prebióticos e probióticos.
Os aditivos alimentarios desenvolvidos previamente non recoñeceron o seu mecanismo de acción específico no microbioma e nos organismos hóspedes, polo que:
- O seu rendemento é inconsistente en animais con diferentes orixes xenéticas e cando se cultivan en diferentes ambientes.
- Mellorar os aditivos alimentarios é ineficiente e custoso.
- É improbable atopar solucións óptimas sen unha abordaxe máis holística.
HoloFood presenta unha abordaxe holística que mellorará a eficiencia dos sistemas de produción de alimentos ao descifrar os procesos moleculares e fisiolóxicos desencadeados polos aditivos para a alimentación animal en animais con diferentes orixes xenéticas e cultivados en diferentes ambientes. Empregaremos dous sistemas de produción animal de importancia crítica como modelos (salmón e polo) e caracterizaremos non só os xenomas, transcriptomas e metabolomas dos seus microorganismos asociados, senón tamén como o microbioma interactúa cos xenomas e transcriptomas dos animais dentro do novo marco holómico en relación cos índices clave de rendemento e as cuestións de benestar animal.
O coñecemento xerado empregarase para optimizar as estratexias de xestión de aditivos para pensos para produtos xa implementados, adaptándoas á base xenética e á etapa de desenvolvemento dos animais, así como ao ambiente de produción, para mellorar a cantidade, a calidade e a seguridade dos alimentos producidos, así como a sustentabilidade da produción de alimentos e o benestar animal. HoloFood tamén servirá para concienciar sobre a importancia dos microbiomas na produción de alimentos e para tender pontes entre as empresas e o mundo académico para promover estratexias baseadas na ciencia.
- KOBENHAVNS UNIVERSITET
- HAVFORSKNINGSINSTITUTTET
- AARHUS UNIVERSITET
- EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
- LEROY SEAFOOD GROUP ASA
- PIAST PASZE SPOLKA Z OGRANICZONA ODPOWIEDZIALNOSCIA
- INSTITUT DE RECERCA I TECNOLOGIA AGROALIMENTARIES
- CHR. HANSEN AS
- FREIE UNIVERSITAET BERLIN
- UNIVERSIDAD DEL PAIS VASCO/ EUSKAL HERRIKO UNIBERTSITATEA
- NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET NTNU
- Sitio web do proxecto (CORDIS)
- Ficha informativa do proxecto CORDIS (pdf)
- Libro de traballo de HoloFood
- Informe de impacto social
- Libro de resumos de conferencias
- Material didáctico dispoñible en TeSS-ELIXIR
- Base de datos HoloFood
- Implementación do procesamento de datos na nube
- Impacto dos aditivos alimentarios e dos factores relacionados co hóspede nos me…
- Efectos metabólicos dunha dieta que contén mexillóns azuis (Mytilus edulis) e s…
- Novas estratexias para mellorar o rendemento e o benestar das galiñas mediante …
- Desenvolvemento e propiedades funcionais da capa de moco intestinal nas aves de…
- "Orixe" do microbioma: un cestodo intestinal configura unha xerarquía de comuni…
- Impacto da completitude do xenoma microbiano na inferencia funcional metaxenómi…
- Alteracións nos metabolitos bacterianos, citocinas e integridade da mucosa no c…
- A microbiota intestinal do salmón correlaciónase co estado de infección por enf…
- Un modelo estratéxico dun sistema hóspede-microbio-microbio revela a importanci…
- Desentrañando a complexidade da microbiota do hóspede a través da holoxenómica
- Holoómica: multiómica integrada da microbiota do hóspede para a investigación b…
- O epixenotipo intestinal do salmón do Atlántico (Salmo salar) está asociado coa…
- Páxina web da UNIVERSIDADE KOBENHAVNS
- Páxina web do HAVFORSKNINGSINSTITUTTET
- Sitio web da Universidade de Aarhus
- Sitio web do LABORATORIO EUROPEO DE BIOLOXÍA MOLECULAR
- Páxina web do INSTITUT DE RECERCA I TECNOLOXÍA AGROALIMENTARIA
- Sitio web de CHR. HANSEN AS
- Páxina web da FREIE UNIVERSITAET BERLIN
- Web da UNIVERSIDADE DO PAÍS VASCO/ EUSKAL HERRIKO UNIBERTSITATEA
- Páxina web de NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET NTNU