Projet H2020 GenTORE : Outils de gestion génomique pour optimiser la résilience et l'efficacité

Outils d’adaptation du bétail à son environnement : Identifier quel génotype de bétail est le mieux adapté aux environnements actuels et futurs et est suffisamment résilient nécessite de trouver la combinaison optimale de résilience et d’efficacité animale. Toutefois, compte tenu de la diversité des environnements agricoles européens, il n’existe pas de solution universelle. De plus, ces traits sont souvent mal définis et difficiles à mesurer. Les scientifiques de GenTORE ont développé deux bases de données publiques qui combinent la topographie régionale avec des informations climatiques et des types d'exploitations agricoles pour aider à prévoir les effets du changement climatique sur les systèmes de production de bovins laitiers et de boucherie par région.

Ils ont également développé des modèles de prédiction des performances à vie pour les bovins laitiers et de boucherie, en utilisant des mesures d’efficacité et d’impact environnemental. Cela permettra aux éleveurs et aux éleveurs de déterminer si l’environnement de production local peut constituer un défi pour leurs animaux. En classant leurs animaux en fonction de leur résilience et de leur efficacité productive, les agriculteurs peuvent ensuite décider lesquels sont les mieux adaptés aux conditions locales, comme les races pures ou croisées, ou s’ils doivent être vendus. Cela signifie que les meilleurs animaux pour l’environnement local sont sélectionnés. Phénotypage amélioré pour la résilience et l’efficacité : la résilience et l’efficacité sont des traits complexes et variables dans le temps. De plus, nous manquons de repères pratiques à grande échelle pour prédire quels jeunes animaux feront de bonnes vaches. Les technologies utilisées dans le PLF peuvent fournir les données longitudinales précises nécessaires au phénotype de la résilience et de l'efficacité. GenTORE a développé de nouvelles méthodes pour quantifier la résilience et l’efficacité, comme un modèle de régression aléatoire multi-traits qui utilise ces données à haute fréquence pour mesurer l’efficacité. Cela permet d’évaluer l’efficacité non seulement sur des périodes fixes, mais tout au long de toutes les étapes de la lactation chez les vaches laitières et de la période de croissance chez les bovins de boucherie. Elle a également développé un système de notation pour évaluer le Lifelong Resilience Score (LRS) et des méthodes pour quantifier la résilience aux altérations de la courbe de production laitière pendant la lactation. Le modèle permettra à l’agriculteur d’évaluer la capacité de la vache à vêler à nouveau et fournira une estimation de sa durée de vie productive. Les agriculteurs pourront utiliser la collecte de données à la ferme pour calculer le LRS de chaque animal et classer toutes les vaches du troupeau.

Cela les aidera à prédire le LRS tôt dans la vie pour identifier les vaches à reproduire et à entretenir. GenTORE a également exploré le potentiel des nouvelles technologies, telles que les drones, pour collecter des données lorsque les animaux paissent. À mesure que cette technologie et d’autres deviennent moins chères et plus largement déployées, la classification et la prédiction deviendront plus précises. Outils génomiques : Les outils génomiques peuvent apporter des solutions aux défis auxquels sont confrontés les agriculteurs de quatre manières distinctes : en fournissant les outils génomiques nécessaires au croisement systématique afin d'exploiter la complémentarité des différentes races pour générer des croisements particulièrement adaptés à des environnements spécifiques ; Améliorer la modélisation des interactions génotype-environnement afin de tirer parti des données génétiques dans différents environnements ; intégrer des traits d’efficacité et de résilience plus précis ; et fournir les outils pour améliorer les décisions de gestion de l’élevage à la ferme. GenTORE a développé des méthodes génomiques multi-races prometteuses pour évaluer conjointement les individus de race pure, croisés et mixtes présentant des modèles complexes de contributions génomiques provenant de différentes races.

Une méthode BLUP d'origine de race en une seule étape a été testée sur un vaste ensemble de données avec plus de 300 000 individus génotypés et des millions d'individus phénotypés provenant de cinq races principales et est mise en œuvre dans une boîte à outils disponible pour l'industrie de l'élevage. De même, GenTORE a développé des protocoles et des pipelines d’analyse pour les modèles GxE où les effets des variantes génomiques individuelles peuvent différer selon les environnements. Elles sont basées sur des méthodologies de modèles mixtes linéaires déjà couramment utilisées par les centres d’expérimentation animale dans l’élevage. GenTORE a également intégré un phénotypage amélioré de la résilience et de l’efficacité dans l’évaluation génomique de la résilience et de l’efficacité, et a fourni des outils de gestion de la sélection à la ferme qui intègrent des informations génomiques. Ces outils conduiront à des systèmes d’élevage plus efficaces et plus résilients grâce à une meilleure utilisation et sélection dans les systèmes de croisement, une meilleure sélection au sein et entre les environnements et de meilleures décisions de gestion.

Stratégies de sélection pour l’atténuation : Les outils génétiques peuvent être utilisés pour réduire les émissions par kg de produit en améliorant la productivité et l’efficacité, en réduisant le gaspillage au niveau du troupeau et en réduisant les émissions par sélection directe lorsque les émissions des animaux individuels sont mesurables. GenTORE a exploré et évalué plusieurs stratégies qui réduisent les coûts de gestion ainsi que les émissions, notamment :

• Amélioration de la fertilité : Réduire les intervalles entre les vêlages et les inséminations permettrait de réduire les périodes improductives.
• Une plus grande résilience et longévité : réduire le nombre de femelles de remplacement en croissance générerait moins d’émissions et de coûts supplémentaires pour l’agriculteur.
• Une meilleure santé : Réduire les périodes improductives ou minimiser les pertes de production, ainsi que l’abattage involontaire, générerait des bénéfices économiques et environnementaux.
• Amélioration de l’efficacité alimentaire : par exemple, la sélection en faveur d’une meilleure consommation alimentaire aurait un impact direct sur les émissions ; Les animaux qui mangent moins pour le même niveau de production ont tendance à produire moins de gaz à effet de serre (GES). Et aussi, indirectement, en réduisant les émissions liées à la production alimentaire.