Projecte H2020 BovReg:BovReg: identificació de característiques genòmiques funcionalment actives rellevants per a la diversitat fenotípica i la plasticitat al bestiar boví

Enfocaments genòmics per a una millor cria del bestiar Comprendre els mecanismes biològics darrere de les variacions genètiques podria ajudar els agricultors a criar bestiar de manera eficient i millorar el benestar animal. La informació genòmica (les dades cel·lulars que un organisme necessita per créixer i funcionar) s'ha analitzat i utilitzat durant un temps per criar bestiar més resistent i sa. Un desavantatge clau és que els mecanismes biològics subjacents a certes variants genètiques encara no es comprenen àmpliament.

Per tant, les conseqüències per a la salut i el benestar del bestiar poden ser impredictibles, ja que certs trets genètics poden tenir efectes secundaris imprevistos. El projecte BovReg va buscar avançar cap a un enfocament més basat en la biologia, on millor es comprèn la funció d'una variant genètica específica. "Aquesta segueix sent una àrea molt desconeguda", afirma Christa Kuehn, coordinadora del projecte BovReg, actualment a l'Institut Friedrich-Loeffler d'Alemanya. "No obstant, sabem que més del 95% del genoma que no es tradueix en proteïnes ha de tenir alguna funció; altrament, l'evolució no l'hauria mantingut durant milions d'anys". Recerca de les regions reguladores del genoma Kuehn i els seus col·legues volien investigar aquestes regions reguladores del genoma. Per descobrir aquests mecanismes, el projecte, coordinat per l'Institut de Recerca de Biologia d'Animals de Granja a Alemanya, va generar quantitats enormes de dades genòmiques funcionals compartides a partir de teixit boví i línies cel·lulars d'ús freqüent. L'objectiu era establir un coneixement molt més detallat dels trets relacionats amb la robustesa i la salut del bestiar.

Per això, el projecte també va desenvolupar canals bioinformàtics per garantir que l'anàlisi de dades fos reproduïble i interoperable en diferents plataformes. "Es va generar una enorme quantitat de dades, també utilitzables per a la investigació biomèdica", explica Kuehn. "Volíem assegurar-nos que aquesta informació fos utilitzable i accessible". Totes les dades s'incorporaran a un portal públic global de dades. "També fem un mapeig ètic per representar gràficament les percepcions socials sobre la reproducció genòmica", afegeix Kuehn. "La investigació de vegades pot causar disrupció social o reticència, per això volíem anticipar-nos i analitzar les seves possibles implicacions per a la societat". Anotació funcional de genomes animals Els resultats del projecte BovReg també han alimentat el projecte global FAANG (Anotació Funcional de Genomes Animals), una organització que reuneix la investigació genòmica en animals de granja a tot el món. La comunitat FAANG està operant en paral·lel amb la iniciativa ENCODE. Aquesta es dedica a caracteritzar la funció del genoma humà. BovReg va co-crear EuroFAANG, una iniciativa paraigua de sis projectes relacionats finançats per la UE, que han acordat canals de dades comunes i protocols generals, assegurant que el coneixement es difongui al més àmpliament possible.

Construint sobre aquest paraigua EuroFAANG, més finançament de la UE es va assegurar fa 2 anys per a un projecte anomenat EuroFAANG Research Infrastructure, que establirà la infraestructura necessària per continuar aquesta cooperació en el futur. "Un dels principals desafiaments després d'un projecte com BovReg és mantenir les persones unides i assegurar que la comunitat continuï", diu Kuehn. Millorar les pràctiques de cria de bestiar Kuehn i el seu equip creuen que el treball pioner del projecte BovReg ajudarà a millorar les pràctiques de cria. «Com més sapiguem sobre la funció genòmica, més podrem evitar els efectes secundaris perjudicials de la cria», assenyala. «Això podria estalviar recursos i millorar el benestar animal». Una millor informació genòmica també podria conduir a un maneig animal i una intervenció veterinària més específics. "Algunes poblacions animals podrien beneficiar-se més d'un tractament personalitzat que d'altres", afegeix Kuehn. «Avançar en la comprensió de les funcions genòmiques ens pot ajudar a comprendre les necessitats reals dels animals».