Proxecto H2020 BovReg: BovReg: Identificación de trazos xenómicos funcionalmente activos relevantes para a diversidade fenotípica e a plasticidade no gando bovino
- Tipo Proxecto
- Estado Cheo
- Execución 2019 -2024
- Orzamento asignado 5.993.458,83 €
- Ámbito Europeo
- Fonte principal de financiamento H2020
- Páxina web do proxecto BovReg
Está ben establecido que as modificacións epixenéticas están implicadas na regulación da expresión xénica. Non obstante, a relación entre estas modificacións e os fenotipos complexos é pouco entendida. O proxecto BovReg, financiado pola UE, ten como obxectivo comprender como a variación epixenética do gando se traduce en fenotipos de importancia comercial.
O proxecto reúne a investigadores de todo o mundo para xerar datos xenómicos funcionais relacionados coa robustez, a saúde e a eficiencia biolóxica do gando. As ferramentas de predición proporcionarán a oportunidade de seleccionar poboacións gandeiras, manter o benestar animal e apoiar a reprodución de precisión para unha produción gandeira eficiente.
A pesar da revolución na análise do xenoma funcional, actualmente persiste unha gran brecha na comprensión das asociacións entre o (epi)xenoma e os fenotipos complexos de interese, o que impide o uso eficiente de xenomas anotados para a reprodución de precisión. O consorcio BovReg proporcionará un mapa completo dos trazos xenómicos funcionalmente activos no gando bovino e como a súa variación (epi)xenética nas razas de carne e leite se traduce en fenotipos. Isto constitúe un coñecemento clave para a predición xenómica baseada na bioloxía que necesitan as comunidades gandeiras científicas e industriais.
BovReg reúne a unha masa crítica de expertos en investigación sobre rumiantes e máis aló, que abarca a bioinformática, a xenética molecular e cuantitativa, a cría de animais, a fisioloxía reprodutiva, a ética e as ciencias sociais. Os nosos 20 socios da UE, Canadá e Australia forman un equipo global e interdisciplinar que se basea en proxectos nacionais e financiados pola UE anteriores e en curso e en moitas colaboracións industriais establecidas. En BovReg, xeraremos datos de xenoma funcionais baseados en ensaios básicos FAANG de tecidos bovinos representativos e liñas celulares recentemente establecidas que abranguen diferentes etapas ontolóxicas e fenotipos mediante a aplicación de novas conducións bioinformáticas.
Estableceremos coñecementos detallados sobre trazos relacionados coa robustez, a saúde e a eficiencia biolóxica no gando. Os datos, coñecementos e protocolos depositaranse en arquivos biolóxicos europeos, co obxectivo de crear e manter un centro de coñecemento e establecer estándares de referencia. EMBL-EBI, FAANG e EAAP garanten a dispoñibilidade de datos a longo prazo e as actividades de difusión e comunicación dirixidas.
As nosas ferramentas de predición xenómica baseadas na bioloxía integrarán o coñecemento biolóxico sobre a variación xenómica reguladora nos esquemas de selección xenómica para as poboacións de gando vacún local e global. Este coñecemento mellorado será útil para reorientar a produción gandeira, tendo en conta plenamente a concienciación social, os aspectos ambientais e de benestar animal e a bioeficiencia.
Aproximacións xenómicas para unha mellor cría de gando Entender os mecanismos biolóxicos detrás das variacións xenéticas podería axudar aos agricultores a criar gando de forma eficiente e mellorar o benestar animal. A información xenómica (os datos celulares que un organismo necesita para crecer e funcionar) analizouse e utilizouse durante moito tempo para criar gando máis forte e saudable. Unha desvantaxe fundamental é que os mecanismos biolóxicos subxacentes a certas variantes xenéticas aínda non son amplamente comprendidos.
Polo tanto, as consecuencias para a saúde e o benestar do gando poden ser imprevisibles, xa que certos trazos xenéticos poden ter efectos secundarios imprevistos. O proxecto BovReg buscou avanzar cara a un enfoque máis baseado na bioloxía, onde se entenda mellor a función dunha variante xenética específica. "Esta é aínda unha área moi descoñecida", di Christa Kuehn, coordinadora do proxecto BovReg, actualmente no Instituto Friedrich-Loeffler en Alemaña. "Non obstante, sabemos que máis do 95% do xenoma que non se traduce en proteínas debe ter algunha función; se non, a evolución non a mantería durante millóns de anos". Investigando as rexións reguladoras do xenoma Kuehn e os seus colegas querían investigar estas rexións reguladoras do xenoma. Para descubrir estes mecanismos, o proxecto, coordinado polo Instituto de Investigación de Bioloxía dos Animais de Granxa en Alemaña, xerou grandes cantidades de datos xenómicos funcionais compartidos a partir de tecido bovino e liñas celulares de uso común. O obxectivo era establecer unha comprensión moito máis detallada dos trazos relacionados coa robustez e a saúde do gando.
Para iso, o proxecto tamén desenvolveu pipelines bioinformáticos para garantir que a análise de datos fose reproducible e interoperable en diferentes plataformas. "Xerouse unha gran cantidade de datos, que tamén se poden usar para investigación biomédica", explica Kuehn. "Queriamos asegurarnos de que esta información fose utilizable e accesible". Todos os datos incorporaranse a un portal de datos público global. "Tamén realizamos cartografías éticas para representar graficamente as percepcións sociais sobre a reprodución xenómica", engade Kuehn. "A investigación ás veces pode causar trastornos sociais ou reticencias, polo que quixemos prever e analizar as súas posibles implicacións para a sociedade". Anotación funcional dos xenomas animais Os resultados do proxecto BovReg tamén se alimentaron do proxecto global FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes), unha organización que reúne a investigación xenómica en animais de granxa de todo o mundo. A comunidade FAANG está operando en paralelo coa iniciativa ENCODE. Este dedícase a caracterizar a función do xenoma humano. BovReg co-creou EuroFAANG, unha iniciativa paraugas de seis proxectos relacionados financiados pola UE, que acordaron canles de datos comúns e protocolos xerais, garantindo que o coñecemento se difunda o máis amplamente posible.
Partindo deste paraugas EuroFAANG, hai dous anos conseguiuse financiamento adicional da UE para un proxecto chamado EuroFAANG Research Infrastructure, que establecerá a infraestrutura necesaria para continuar esta cooperación no futuro. "Un dos principais retos despois dun proxecto como BovReg é manter á xente unida e garantir que a comunidade continúe", di Kuehn. Mellora das prácticas de cría de gando Kuehn e o seu equipo cren que o traballo pioneiro do proxecto BovReg axudará a mellorar as prácticas de cría. "Canto máis sabemos sobre a función xenómica, máis podemos evitar os efectos secundarios nocivos da reprodución", sinala. "Isto podería aforrar recursos e mellorar o benestar animal". Unha mellor información xenómica tamén podería levar a unha xestión dos animais e unha intervención veterinaria máis específicas. "Algunhas poboacións animais poden beneficiarse máis dun tratamento personalizado que outras", engade Kuehn. "Avanzar na nosa comprensión das funcións xenómicas pode axudarnos a comprender as necesidades reais dos animais".
- FORSCHUNGSINSTITUT FUR NUTZTIERBIOLOGIE (FBN)
Proxectos relacionados
