Projet H2020 POnTE : les organismes nuisibles menacent l'Europe

Avant l’apparition du syndrome de dépérissement de l’olivier dans les Pouilles, la bactérie Xylella n’avait jamais été détectée en Europe. Les chercheurs du projet POnTE ont optimisé les programmes de surveillance et de prévention pour aider à gérer les futures maladies agricoles émergentes. Ces statistiques accablantes reflètent la gravité des effets des agents pathogènes des plantes sur la production agricole. Selon les statistiques de recherche du projet POnTE financé par l'UE, les oléiculteurs pourraient subir des pertes de production allant jusqu'à 7,5 milliards d'euros sur 50 ans en raison de la bactérie Xylella. Oliviers d'Italie : la première grande mission de recherche pour les sauver Donato Boscia, coordinateur POnTE et chef de l'unité opérationnelle au Conseil national de la recherche de Bari, en Italie, décrit la situation au début du projet en 2015. « Suite à la première détection de Xylella en 2013 et à plusieurs foyers dispersés en Italie, en France, en Espagne et au Portugal, POnTE a contribué à sensibiliser et à surveiller la maladie en développant des outils et des protocoles pour la détection efficace de la bactérie. « Des études génomiques ont déterminé le moment approximatif et la voie d’introduction des souches de Xylella en Europe, fournissant toutes les informations nécessaires pour réduire le risque d’introductions futures », note Boscia. Des analyses approfondies du transcriptome et l’identification de gènes potentiellement exprimés de manière différentielle éclairent la réponse de la plante hôte et les voies de résistance potentielles.

La recherche de sources de résistance développée à Xylella a révélé des résultats préliminaires encourageants et l’identification de cultivars d’oliviers résistants ou tolérants. Le cercope des prés est le principal porteur ou vecteur de cette bactérie. POnTE a identifié les vecteurs les plus pertinents dans l'UE et leurs plantes hôtes préférées dans de nombreuses cultures, en utilisant des techniques de marquage-recapture pour suivre leur propagation naturelle potentielle. Les données ont soutenu la conception d’études spécifiques aux cercopes, d’essais sur le terrain pour le contrôle des populations de vecteurs et le développement d’importants modèles de propagation à courte portée. L'identification pré-visuelle aérienne des oliviers infectés par Xylella a été réalisée à l'aide d'images hyperspectrales et thermiques à haute résolution. Il convient de noter que des indicateurs de détection précoce ou asymptomatique de l'infection à Xylella ont été développés, afin de parvenir à une méthode de classification automatique de la gravité de la maladie dans de vastes zones. Élargir le réseau de recherche à d’autres cultures et écosystèmes menacés D’autres ravageurs, Candidatus Liberibacter solanacearum (CaLsol), qui affecte les cultures maraîchères, et Hymenoscyphus fraxineus, un champignon responsable de la maladie du dépérissement du frêne dans les forêts européennes, ont retenu l’attention des chercheurs de POnTE. Adoptant la même approche multidisciplinaire, ils ont cherché à caractériser les aspects biologiques des ravageurs et à proposer des stratégies pour contrôler leur propagation au sein de l’UE.

La caractérisation des haplotypes de différents échantillons infectés par CaLsol provenant d'Europe et d'autres pays méditerranéens nous a permis de cartographier sa distribution géographique. Hérités conjointement d'un seul parent, les haplotypes sont des indicateurs importants de l'ascendance et de la mutation qui peuvent être tracés pour suivre la propagation de l'agent pathogène et son évolution. Des pièges automatiques ont été développés qui acquièrent et envoient des images du vecteur CaLsol, un puceron sauteur (de la famille des psylles), à un serveur distant. Le comportement alimentaire des psylles a également été étudié à l'aide de la technique du graphique de pénétration électrique et corrélé à la transmission de la maladie CaLsol. Boscia résume, en se concentrant sur la santé économique de l'agriculture de l'UE et les moyens de subsistance des agriculteurs européens : « Les données et la diffusion de POnTE seront sans aucun doute d'une grande aide dans la gestion future de ces urgences phytosanitaires, et par conséquent, la sensibilisation du public a également augmenté. » L’effort de recherche ne s’arrêtera pas avec POnTE, car il se poursuit avec le projet complémentaire XF-ACTORS. Les programmes améliorés de surveillance et de prévention actuellement en cours d’élaboration seront durables et coexisteront avec les pratiques agricoles pour gérer les ravageurs exotiques, nouveaux et anciens, en Europe.