EQUIGENOM Talde Operatiboa: geneak identifikatzeko, gaixotasunak diagnostikatzeko, ezaugarri ekonomiko garrantzitsuak detektatzeko eta hautapen genomikorako MD txip baten garapena.
- Mota Talde operatiboa
- Egoera Bete
- Exekuzioa 2022 -2025
- Esleitutako Aurrekontua 570.505,34 €
- Eremua Supraautonómico
- Autonomia-erkidegoa Andalucía; Aragón; Madrid, Comunidad de
- Finantza-iturri nagusia 2014-2020ko NPB
- Proiektuaren webgunea https://goequigenom.com
Azalpena
PRE-rako dentsitate ertaineko (MD) txip ekonomikoaren aplikazio berritzailea, aldi berean seme-alabak kontrolatzeko aukera ematen duena, herentziazko gaixotasunen diagnostiko goiztiarra (pre arrazako espezifikoak eta espezifikoak barne, hala nola katu lepoa, besteak beste) eta gaixotasun kromosomikoak, garrantzi ekonomikoko ezaugarriekin lotutako markatzaile molekularren detekzioa eta garapen genomikoaren garapena errazteko eta garapen digital sendo baten osagarri izango dena. Tresna, animalia bakoitzaren informazio genetikoa (hobekuntza-programatik) eta/edo informazio genomikoa (txipak sortutakoa) integratzen duena, abeltzainarentzat modu azkar eta errazean interpretatzeko modu errazean erabiltzea ahalbidetzen duena, animalia beraren informazio guztia fitxategi digital eskuragarri bakar batean zentralizatzen duena, hobekuntza eta gurutzaketa erabakiak hartzen laguntzen diona, aurrerapen genetikoa handiagoa eta azkarragoa eta gaixotasun ekonomikoak detektatzeko eta etorkizuneko arazo ekonomikoak detektatzeko eta etorkizuneko arazo ekonomikoak kontrolatzeko eta etorkizuneko arazo ekonomikoak detektatzeko eta aurreikusteko. galerak; ustiapenaren ondoriozko onura ekonomikoarekin.
Jardueren deskribapena
- 1.056 zaldi espainiar (667 ar eta 389 eme) erreferentziazko populazioa definitu da, eragin genetiko handiagatik eta ahaidetasun maila baxuagatik hautatuak, ebaluazio genetikoen zehaztasuna hobetzeko funtsezkoa. 710 baserritakoak dira, batez beste 18 urteko adina arrak eta 21 emeak, batez besteko endogamia %6,74koa eta batez besteko arbasotasuna %4,55ekoa. Uztailek 58 kume dituzte batez beste eta emeek 10, guztira 41.366 kume 11.000 ustiategi baino gehiagotan banatuta. Horietatik 14.495 errendimendu morfofuntzionalaren kontrolean daude, 769 soinketa klasikoan, 15.617 soinketarako gaitasun morfologikorako genetikoki ebaluatuak eta 1.053 soinketa klasikoko diziplinarako. Horrez gain, erreferentziako populazioko 783 animaliek beren errendimendu morfofuntzionalaren kontrol propioa dute, eta 79ri soinketarako proba egin zaie, eta horrek hobekuntza genetikorako oinarri gisa duten balioa indartzen du.
Populazio honen profil genomikoa Axiom Equine Genotyping 670K array-a erabiliz lortu da, 623.516 aldaera baliagarri sortuz, 33 kromosoma pareetan homogeneoki banatuta. Horietatik 188.851 informazio handikoak dira, informazio genomikoaren maila handiagoa ematen dute eta, beraz, arrazaren aldakortasun genomikoa zehaztasun handiz jasotzen dute. - SNP markatzaileen panel bat hautatu da gurasoak egiaztatzeko, fidagarritasun handiagatik eta maiztasun alelo idealengatik aukeratua, animaliaren arbasoak zehazteko zehaztasun handiagoa bermatuz. Zehazki, ahaidetasun-probetan informazio polimorfiko eduki (PIC) eta baztertzeko probabilitate handiena (PE) duten markatzaileak hautatu ziren. Irizpide oso zorrotzak aplikatu arren, 3131 markatzaile egoki identifikatu ziren, kromosoma guztietan banatuta.
- PRE (Espainiako Arraza hutsa) interes ekonomikoko gaixotasun eta ezaugarriekin lotutako markatzaile genetikoak hautatu dira. Orotara, herentziazko ezaugarri soilekin lotutako 1.103 markatzaile genetiko aukeratu dira, hala nola, gaixotasun genetikoak, kirol-errendimendua eta berokiaren kolorea. Horrez gain, ugalkortasuna edo gaixotasun poligenikoak (hau da, hainbat geneek eragindakoak) ezaugarri konplexuekin lotutako 167 marka sartu dira. Markatzaile hauek aldez aurretik PRE zaldietan zein beste arraza batzuetan aztertu dira. Gainera, 308 markatzaile gehitu dira PRE arrazan aurrez ikusitako anomalia kromosomikoak detektatzeko, animalien osasun genetikoa kontrolatzeko tresna osagarri bat eskainiz.
Informazio hori guztia EQUIGENE izeneko dentsitate ertaineko (MD) txip (ARRAY) batean integratu da, PRE zaldien hazkuntzan genetika aplikatzea errazten duena eta markatzaile bidezko hautapenerako (MAS) tresna gisa balio duena. Horri esker, hazleek erabaki zehatzagoak eta garaiz har ditzakete ugalketa-sorta hautatzeko orduan, informazio genetiko zehatzaren arabera. - SNP markatzaileen panel bat hautatu da dentsitate handiko (HD) egozpena ahalbidetzeko, dentsitate ertaineko txip baten bidez. Panelak 56.621 markatzaile biltzen ditu HD egoztatzeko berariaz hautatuak. Markatzaile hauek lotura-desoreka (LD) baxua erakusten dute, hau da, haien arteko menpekotasun txikia, egozpen-prozesurako egokiak izanik.
Panel honekin, fidagarritasun maila ezberdineko 246.385 eta 483.772 markatzaile artean aurreikustea posible da, metodoaren zehaztasuna erakutsiz. Zehaztasun oso handia behar zenean ere (markatzaile bakoitzeko % 1eko errorea baino gutxiago), 244.747 eta 383.783 markatzaile artean aurreikustea posible zen. - Dentsitate ertaineko (MD) txip bat (ARRAY) diseinatu eta fabrikatu da, PRE arrazako balioztatuta. Kostu baxuko txip honek, Arraza Garrantzitsua den Espainiako Zaldiarentzat (PRE) bereziki diseinatuta, aukera ematen du aldi berean egiaztatzea aitatasuna, herentziazko gaixotasunen diagnostiko goiztiarra (pre arrazako espezifikoak barne, hala nola "katu-lepoa"), anomalia kromosomikoak detektatzeko, ezaugarri ekonomiko garrantzitsuekin lotutako marka molekularren identifikazioa eta PRE hautapen genomikoaren garapenean.
Horretarako, guztira 1.240 markatzaile genetiko aukeratu ziren ikerketa zientifikoetatik eta nazioarteko datu-baseetatik, zaldien ezaugarri ekonomikoki garrantzitsuak ardatz hartuta, hala nola gaixotasun genetikoak, portaera, kirol-errendimendua eta berokiaren kolorea. Txipak 26.017 markatzaile biltzen ditu dentsitate handiko egozpenerako eta 15.705 dentsitate ertaineko egozpenerako, biak %99 baino eraginkortasun handiagoarekin. Horrez gain, kromosoman zehar banatutako zaldizko Y kromosomaren (ECAY) 1115 markatzaile aukeratu ziren eta 1000 marka mitokondrial sartu ziren, amaren leinuaren azterketarako ezinbestekoak. Horrez gain, ISAG-ek gomendatutako paneleko 376 markatzaileak sartu ziren ahaidetasuna aztertzeko.
Guztira, txipak 90.938 SNP ditu, hainbat helburutarako markatzaile sorta zabala hartzen duena, 45.675 betegarri SNP barne estaldura genomiko osoa bermatzeko. - Hautatutako erreferentzia-populazioa PRE zaldietan eragin genetiko handiena duten 4.000 hazkuntzako animaliek osatzen dute, errendimendu-probak jasandako kume-kopuruan oinarrituta, eta hautapen genomikoa ezartzeko ezarri da.
Biztanleria hau %22 gizonezkoek eta %78 emakumezkoek osatzen dute, eta batez besteko adina 7,9 eta 22,9 urtekoa da, hurrenez hurren. Animalien %50ek 23 urte edo gutxiago dituzte, eta %25ek 1 eta 3 urte bitartekoak. 1.941 zalditik datoz, batez beste 2 animalia zaldi bakoitzeko, nahiz eta 14 zalditan 20 indibidual edo gehiago hautatu ziren.
Batez besteko odolkidetasun-koefizientea %7,55ekoa da eta batez besteko ahaidetasuna %10,67koa. Arrek 37,3 kume dituzte batez beste eta emeek, 10,8. Erregistro fenotipikoei dagokienez, 2.710 animalia errendimendu morfologikoaren kontrolpean, 53 soinketako errendimenduaren kontrolpean eta 2.252 eme ugalketa-eraginkortasunaren kontrolpean. Genetikari dagokionez, 2.828 animaliri ebaluazio genetikoa egin diete konformazio funtzionalari dagokionez, 1.603ri soinkazioari dagokionez eta 2.760ri ugalketa-eraginkortasunari dagokionez.
Erreferentziako populazioa genotipatu da eta genotipoak prozesatu dira seme-alaben, azalaren kolorearen, gaixotasun monogenikoen eta poligenikoen aztertutako markatzaileen zerrenda sortzeko.
Azkenik, dentsitate handiko inputazioa egin da, EQUIGENE txiparen genotipoetan oinarritutako emaitza genotipikoak oso fidagarriak lortuz. - Ebaluazio genomikoaren ereduak garatu dira PRE arrazaren hautaketa-irizpide ezberdinetarako, eta eredu horiek balioztatu dira. PRE arrazaren hautapen-irizpide ezberdinetarako balioztatutako protokolo bat diseinatu da urrats bakarreko BLUP metodologia (ssBLUP) erabiliz, ereduak ezaugarri bakoitzerako duen egokitasunaren arabera. Horrez gain, PRE arrazaren aurrerapen genetikoa kalkulatu da.
Ebaluazio genetiko/genomikorako azken ereduak garatu dira ssBLUP metodologia erabiliz 34 ezaugarri morfologiko eta 20 akats, 7 soinketa ezaugarri eta 3 ugalketa-eraginkortasun ezaugarrietarako.
Ebaluazio genomikoaren ereduen baliozkotzea fidagarritasuna areagotuz eta aurrerapen genetikoa estimatuz lortu zen, fidagarritasuna hobetuz eta belaunaldi-tarte murriztuz neurtuta. Morfologian, fidagarritasuna %9,65etik %14,09ra igo da. Ugalketa-ezaugarrietan, igoera %1,80tik %3,96ra bitartekoa izan da, eta soinketako ezaugarrietan fidagarritasuna %3 handitu da. Aurrerapen genetikoari dagokionez, hautaketaren erantzunean hobekuntzak ikusi dira, ezaugarri morfologikoetan %2,11tik %8,82ra arteko igoerarekin. Ugalketa-ezaugarrietan, aurrerapena %1,61 eta %5,88 bitartekoa izan da, eta soinketan, erantzuna %2,96 hazi da. - Genealogiko Libururako (LG) tresna digital bat diseinatu eta garatu da, bai web formatuan, bai mugikorretarako aplikazio gisa. Plataforma digital hau Espainiako zaldien sektorean sustatu da. Tresna honi esker, hazleek SNP markatzaileen panelak sortutako informazio genomiko ugaria azkar eta erraz interpreta dezakete.
Plataformak informazio hori hazleei zentralizatu eta ematen die, beren animalien datu genetikoak guztiak dituen profil bakar eta eskuragarri baten bidez. Horri esker, hazkuntza-teknika modernoak azkar eta hedatu ahal izango dira, eta, ondorioz, aurrerapen genetiko azkarrago eta handiagoa izango da eta askotan kostu ekonomiko garrantzitsuak dakartzaten herentziazko gaixotasunak goiz detektatuko dira —saihestu litezkeen kostuak—.
Ondorioz, hazleek etorkizuneko arazoak eta finantza-galerak aurreikusteko eta saihesteko aukera izango dute, azken finean, beren eragiketen errentagarritasunari mesede egingo diotenak. Gainera, tresna digital hau gerora edozein arrazako zaldien sektorean aplika daiteke, zaldien ekoizpena eta hautaketa hobetuz, hazleen eta sektore osoaren ikuspegi ekonomikoa hobetuz eta nazioko eta nazioarteko merkaturatzea bultzatuz. - Lantaldeari eta proiektuari buruzko informazioa helaraztea industriari eta publiko orokorrari. Emaitza proiektuaren webgunea sortzea izan da, baita proiektuaren berri eta emaitzak taldearen webgunearen, kideen webgunearen eta sare sozialetako hainbat plataformaren bitartez ere, xede-publiko osoarengana iristeko.
- Proiektuaren emaitzak azken erabiltzaile guztiei (abeltzainak, abeltzainak, elkarteak, ikertzaileak, albaitariak, laborategiak...) zabaltzeko bideak ezartzea. Emaitza modu ezberdinetan lortu da. Alde batetik, lantaldearen sustapen-materialak diseinatu, garatu eta banatu dira, proiektua sustatzeko lantaldekideek parte hartzen duten azoka ezberdinetan banatzeko. Horien artean aterkiak eta poltsak daude, besteak beste. Bestalde, eragin handiko aldizkarietan artikulu zientifikoak argitaratu dira, proiektuaren emaitzarik garrantzitsuenak erakusteko. Azkenik, hainbat kongresu, kongresu eta azokatara joan gara, proiektua eta lortutako emaitza nagusiak azaltzen dituzten ahozko aurkezpenak egiteko, hainbat arlotako industriako profesionalengana iritsiz.
Helburuak
- Dentsitate ertaineko (MD) txip ekonomikoa lortzea gaixotasunak eta garrantzi ekonomikoa duten beste karaktere batzuen guraso eta genotipatzeko.
- Ebaluazio genomikoaren sistemaren garapena PREn.
- Nekazariarentzat eskuragarri dagoen tresna digital berri baten garapena, txipan lortutako emaitzen interpretazioa ahalbidetzeko.
Results
- Erreferentziako populazioaren eta gaixotasunen markatzaile genetikoak hautatzea, dentsitate ertaineko txiparen diseinua eta ekoizpena eta baliozkotzea PREn.
- Ebaluazio genomikoaren ereduak garatzea PRE hautapen irizpide desberdinetarako.
- LG web tresna digitalaren eta LG aplikazioaren diseinua eta garapena, baita haren zabalkundea Espainiako zaldien sektorean ere.
Harremanetarako informazioa
- Koordinatzailea/entitatearen izena: Espainiako Arraza Garbiko Zaldi Hazleen Errege Elkarte Nazionala (ANCCE)
- Koordinatzailea/entitatearen helbide elektronikoa: direccion@lgancce.com
Kolaboratzaileak
- Federación española de Asociaciónes de criadores de caballos (FEACC)
- Real federación hípica española (RFHE)
- Sociedad española de equinotecnia
Onuradunak
- Real asociación nacional de criadores de caballos de pura raza española (ANCCE)
- Real federación española de Asociaciónes de ganado selecto (RFEAGAS)
- Life technologies S.A
Kanpoko kontratazioa
- Universidad de Sevilla
- Universidad de Córdoba (UCo)
- Esmedagro SL
Lotutako proiektuak
