Projecte H2020 EPIC-XS: El Consorci Europeu d'Infraestructura de Proteòmica proporciona accés

Des de l'inici del projecte, EPIC-XS va proporcionar accés a 240 projectes en què van participar 221 usuaris, dels quals 102 eren dones i 119 homes. Els usuaris d'EPIC-XS eren majoritàriament acadèmics, però el consorci també va treballar amb parts no acadèmiques, principalment per informar-los sobre les possibilitats de les metodologies de proteòmica d'alta gamma recentment desenvolupades, però també per participar en les oportunitats d'EPIC-XS TNA. La formació pràctica va ajudar els investigadors a desenvolupar fluxos de treball de millors pràctiques ia difondre les dades de proteòmica en bases de dades disponibles públicament, ampliant així els coneixements dels científics experimentats i dels nous en el camp de la proteòmica. Els procediments operatius estàndard i els nous protocols es van intercanviar ràpidament entre els llocs d'accés per ampliar i reforçar els serveis que es poden oferir a tot Europa. L'accés transnacional es va proporcionar a institucions a 33 països diferents i, en total, aquest accés ja ha donat com a resultat la publicació de 44 articles només dels projectes usuaris.

Activitats conjuntes de recerca EPIC-XS va comptar amb quatre activitats conjuntes de recerca (JRA) que van ser esforços interactius entre els socis d'EPIC-XS i que han donat lloc a noves tecnologies proteòmiques innovadores. La investigació en proteòmica està evolucionant a un ritme sorprenent. S'han fet passos tremends en termes de sensibilitat, rang dinàmic, exhaustivitat, robustesa i costos (en temps i diners). Aquests passos han permès que la proteòmica tingui un impacte tant a la recerca fonamental com a la translacional, beneficiant la humanitat. La proteòmica ara es pot utilitzar per investigar el proteoma de cèl·lules individuals descobrint noves cèl·lules i respostes cel·lulars, analitzar centenars de milers de mostres clíniques per a marcadors de proteïnes de diagnòstic de salut i malaltia, traçar el comportament espaciotemporal de les proteïnes en cèl·lules i teixits, i com interactuen funcionalment entre si.

Les activitats conjuntes de recerca d'EPIC-XS han estat pioneres en moltes tecnologies proteòmiques i han contribuït a la translació d'aquestes tecnologies a la clínica ia les comunitats de recerca en ciències de la vida en general. Els investigadors d'EPIC-XS han estat molt importants en la realització d'aquests avenços en els mètodes de proteòmica. Un nou horitzó en proteòmica prové d'enfocaments més centrats a les proteïnes (top-down), que complementen els enfocaments centrats en els pèptids (bottom-up), que ja són més rutinaris. Els enfocaments centrats en les proteïnes són importants per a la detecció de "proteoformes", un terme que designa totes les formes que les proteïnes, vinculades a un gen, poden tenir a les nostres cèl·lules o orgànuls o teixits subcel·lulars. Tot i que el nostre ADN només conté uns 20.000 gens, el treball recent sobre el proteoform realitzat per altres socis d'EPIC-XS ha revelat que el nombre de proteoformes pot superar fàcilment diversos milions.

Per entendre la veritable regulació en biologia molecular, necessitem eines que permetin disseccionar els rols funcionals, no només dels gens seleccionats, sinó de cada proteoforme, visualitzant-ne l'estructura i la funció, la localització i les interaccions. Aquest és un objectiu molt ambiciós, però essencial per fer contribucions impactants a la nostra comprensió de la biologia. Diversos socis del consorci EPIC-XS han implementat enfocaments de proteòmica estructural en el seu treball, derivant informació estructural sobre proteïnes que es poden relacionar directament amb dades crioEM, microscòpia i computacionals. Les estructures obtingudes (crioEM) o predites (IA utilitzant Alphafold) són validades per tecnologies proteòmiques emergents, such com a proteòlisi limitada (LipMS), MS DE RETICULACIÓ (XL-MS) i MS d'intercanvi hidrogen-deuteri, i aquests mètodes s'exploten amb freqüència a través d'aplicacions bio al desenvolupament, per exemple, de nous fàrmacs.

Lequip utilitzat per obtenir informació basada en proteòmica és car i la capacitat és molt sovint un factor limitant, així com lexperiència per analitzar les dades. Les tecnologies d'IA també han entrat al camp de la proteòmica i ja han contribuït enormement a millorar l'anàlisi i la interpretació biològica de l'enorme quantitat de dades generades. Per beneficiar-se plenament de la ràpida expansió de les eines de recerca en proteòmica, els investigadors biomèdics i biològics necessiten accés i suport.