H2020 EPIC-XS Proiektua: Europako Proteomika Azpiegituren Partzuergoak sarbidea ematen du
- Mota Proiektua
- Egoera Bete
- Exekuzioa 2019 -2023
- Esleitutako Aurrekontua 9.986.185,75 €
- Eremua Europeo
- Finantza-iturri nagusia Horizonte 2020
- Proiektuaren webgunea Proyecto EPIC-XS
Proteinak izaki bizidun guztietan dauden funtsezko lan-zaldi molekularrak dira. Proteomikak teknologia aplikatzen du zelula, ehun edo organismo batean dauden proteina guztiak identifikatu eta kuantifikatzeko, proteina horiek nola funtzionatzen duten eta nola erregulatzen dituzten prozesu biziak ulertzeko helburuarekin. Horrek proteinen arteko elkarrekintzen, egituren eta aldaketen analisi zehatza eskatzen du. Horregatik, beharrezkoa da proteomikako teknologiak mundu mailako bizitzaren zientzien ikerketa-programetan integratzea.
EBk finantzatutako EPIC-XS proiektuak mundu osoan lider diren Europako proteomika instalazioak biltzen ditu, Europan bizitzaren zientzien ikerketa bikaina sustatzeko helburu partekatuarekin. Zehazki, proteomika instalazio aurreratuenetarako sarbidea emango du eta proteomika eta bioinformatika ikuspegi berriak ezarriko ditu, bizitzaren zientzien ikerketa laborategitik pazientearen ohe ondora arte laguntzeko eta moldatzeko.
Proiektua hasi zenetik, EPIC-XS-k 240 proiektutarako sarbidea eman du, 221 erabiltzaile inplikatuz, horietatik 102 emakumeak eta 119 gizonak. EPIC-XS erabiltzaileak gehienbat akademikoak ziren, baina partzuergoak alderdi ez-akademikoekin ere lan egin zuen, batez ere garatu berri diren proteomika-metodologien aukeren berri emateko, baina baita EPIC-XS TNAren aukeretan parte hartzeko ere. Prestakuntza praktikoak ikertzaileei lan-fluxu egokienak garatzen eta proteomikaren datuak publikoki eskuragarri dauden datu-baseetan zabaltzen lagundu zien, horrela proteomikaren arloko zientzialari esperientziadunen eta berrien ezagutza zabalduz. Europan zehar eskuragarri dauden zerbitzuak zabaltzeko eta indartzeko, sarbide-guneen artean azkar partekatu ziren funtzionamendu-prozedura estandarrak eta protokolo berriak. 33 herrialdetako erakundeei eman zitzaien sarbide transnazionala, eta guztira, sarbide horri esker, erabiltzaile-proiektuetatik bakarrik 44 artikulu argitaratu dira dagoeneko.
Ikerketa Jarduera Bateratuak EPIC-XS-k lau Ikerketa Jarduera Bateratu (JRA) izan zituen, EPIC-XS-ko bazkideen arteko ahalegin interaktiboak izan zirenak eta proteomikako teknologia berritzaile berriak sortu dituztenak. Proteomikaren ikerketa izugarri azkar garatzen ari da. Aurrerapauso izugarriak eman dira sentikortasunari, tarte dinamikoari, osotasunari, sendotasunari eta kostuari (denborari eta diruari dagokionez). Urrats hauek proteomikak oinarrizko ikerketan eta translazio-ikerketan eragina izatea ahalbidetu dute, gizateriarentzat onuragarria izanik. Proteomika erabil daiteke orain zelula indibidualen proteoma ikertzeko, zelula eta zelulen erantzun berriak aurkitzeko, ehunka mila lagin kliniko aztertzeko osasunaren eta gaixotasunaren proteina markatzaile diagnostikoak lortzeko, zeluletan eta ehunetan proteinen portaera espazio-tenporala mapatzeko eta elkarren artean nola elkarreragiten duten funtzionalki mapatzeko.
EPIC-XS ikerketa-jarduera bateratuek proteomikako teknologia horietako asko aitzindari izan dira, eta teknologia horiek klinikara eta bizitzaren zientzien ikerketa-komunitateetara zabalago itzultzen lagundu dute. EPIC-XSko ikertzaileek funtsezkoak izan dira proteomika metodoetan aurrerapen hauek egiteko. Proteomikan horizonte berri bat proteinetan zentratutako (goitik beherako) ikuspegietatik dator, dagoeneko ohikoagoak diren peptidoetan zentratutako (behetik gorako) ikuspegiak osatzen dituztenak. Proteinei zentratutako ikuspegiak garrantzitsuak dira "proteoformak" detektatzeko, hau da, gene bati lotutako proteinek gure zeluletan, organulu edo ehun subzelularretan izan ditzaketen forma guztiak izendatzen dituen terminoa. Gure DNAk 20.000 gene inguru baino ez baditu ere, EPIC-XS bazkide batzuek proteoformei buruz egindako lan berriek agerian utzi dute proteoformen kopurua erraz hainbat milioi baino gehiago izan daitekeela.
Biologia molekularreko benetako erregulazioa ulertzeko, gene hautatuen ez ezik, proteoforma bakoitzaren funtzio-eginkizunak aztertzeko aukera ematen diguten tresnak behar ditugu, haien egitura eta funtzioa, lokalizazioa eta elkarrekintzak bistaratuz. Helburu oso anbiziotsua da hau, baina ezinbestekoa da biologiaren ulermenean ekarpen garrantzitsuak egiteko. EPIC-XS partzuergoko hainbat bazkidek proteomika estrukturalaren ikuspegiak ezarri dituzte beren lanean, proteinei buruzko informazio estrukturala lortuz, eta informazio hori zuzenean erlazionatuta egon daiteke krioEMrekin, mikroskopiarekin eta datu konputazionalekin. Lortutako (cryoEM) edo iragarritako (Alphafold erabiliz AI) egiturak proteomika-teknologia emergenteek balioztatzen dituzte, hala nola proteolisi mugatua (LipMS), lotura gurutzatuen MS (XL-MS) eta hidrogeno-deuterio trukearen MS, eta metodo hauek maiz ustiatzen dira orain aplikazio biomolekular, bioteknologiko eta biomedikoen bidez, adibidez, sendagai berrien garapenean laguntzen dutenak.
Proteomikan oinarritutako informazioa lortzeko erabiltzen den ekipamendua garestia da, eta edukiera askotan faktore mugatzailea da, datuak aztertzeko espezializazioa bezala. IA teknologiak proteomikaren arloan ere sartu dira eta dagoeneko asko lagundu dute sortutako datu kopuru handiaren analisi biologikoa eta interpretazioa hobetzen. Proteomika ikerketa tresnen hedapen azkarraz guztiz etekina ateratzeko, ikertzaile biomediko eta biologikoek sarbidea eta laguntza behar dituzte.
Proteomikaren arloa tresna indartsu gisa finkatu da bizitzaren zientzietan, aplikazio zabalekin sistemen biologiatik hasi eta aplikazio mediko eta klinikoetaraino. Proteomika erabil daiteke orain zelula indibidualen proteoma ikertzeko, zelula eta zelulen erantzun berriak aurkitzeko; ehunka mila lagin kliniko aztertu osasunaren eta gaixotasunen proteina markatzaile diagnostikoetarako; eta proteinen portaera espazio-tenporala mapatzea zeluletan eta ehunetan, elkarrekin nola elkarreragiten duten barne. Goi-mailako proteomikako azpiegiturarako sarbidea ezinbestekoa da ikerketa berritzailea itzultzeko eta giza osasunean, nekazaritzean, bioterapeutikan eta biomaterialen ingeniaritzako erronkei aurre egiteko.
EPIC-XS proteomika proiektu definitiboa izan zen, eta horri esker, Europako erabiltzaileek proteomikaren arlo guztietako ikerketa-proiektu translazionaletara sartzeko aukera izan zuten. EPIC-XS-ek teknologia berrien garapena konbinatu zuen Europa osoko erabiltzaile ez-aditu ugariren sarbidearekin. Proiektuaren iraupenean zehar, EPIC-XS-ek proteomika teknologiak eman zizkien gutxienez 240 sarbide-proiektu transnazionalei, 221 erabiltzaile baino gehiagok sortuak. EPIC-XS nazioarteko sarbidearen eta ikerketa-jardueren bateratuen emaitzek 250 argitalpen zientifiko baino gehiago sortu dituzte aldizkari ospetsuetan, parekideek berrikusitakoak eta sarbide irekikoak.
Bizitzaren zientzien ikerketan, proteomikako teknologiak genomika baino are iraultzaileagoak izango direla agintzen du sistema biologiko konplexuen mekanismo molekularrak eta osasunean eta gaixotasunean dituzten (okerreko) funtzioak ulertzeko. Ondorioz, gero eta behar handiagoa dago proteomikako teknologiak medikuntzan, nekazaritzan, elikaduran, bioteknologian eta materialetan mundu mailako bizitza-zientzien ikerketa-programetan integratzeko.
EPIC-XS (European Proteomics Infrastructure Provider Access) erakundeak Europako proteomika instalazio oso berritzaile eta mundu osoan liderren partzuergo bat biltzen du, Europan bizitzaren zientzien ikerketa bikaina sustatzeko helburu partekatuarekin. Horretarako, proteomika instalazio aurreratuenak eskainiko dira, eta Europako etorkizuneko bizitzaren zientzien ikerketa moldatzeko proteomika eta bioinformatikako ikuspegi berriak garatu eta ezarriko dira. EPIC-XS-ko sarbide transnazionalak gutxi gorabehera 2.400 eguneko proteomika instalazio aurreratuetarako sarbidea dakar, gutxi gorabehera 150 erabiltzaile-proiekturi dagozkienak, eta berrikuspen-batzorde independente batek ebaluatuko ditu bikaintasuna bermatzeko eta erabiltzaileak beren ikerketa-galdera erronkatsuetarako instalazio onenekin konektatzeko.
EPIC-XS-eko ikerketa-jarduera bateratu aurreratuek partzuergoko kideen berrikuntza-ibilbide sendoan oinarritzen dira, eta oztopoak konponduko dituzte eta etorkizunera begirako ahaleginetarako ikuspegi berriak garatuko dituzte proteomika konputazional eta estrukturalean, proteomaren antolakuntza-analisi altuagoan, multiomikako integrazioan eta proteomika translazional/klinikoan, eta medikuntza pertsonalizatuan/zehaztasunean. EPIC-XS-ek mundu mailako instalazio eta espezializazioetarako sarbide paregabea emango die erabiltzaileei, eta, aldi berean, Europaren nazioarteko lidergoa zabalduko du. EPIC-XS-ek erabiltzaileen sarbide-eskaera zabalak asetzen ditu, arloko oztopoak konpontzen ditu eta proteomikan ikuspegi guztiz berriak irekiko ditu.
EPIC-XS-ren epe luzeko eragin sozioekonomikoa agerikoa da proteomikako teknologietan ikertzaile akademiko askoren prestakuntzan, baita teknologia berritzaileak eta ikuspegi integratuak garatzeko industria-zientzialariekin egindako lankidetzan ere. Antolatutako EPIC-XS tailerretan eta bileretan, ibilbide profesionaleko ikertzaile askok prestakuntza teorikoa eta praktikoa jaso zuten proteomika teknologian. Horrez gain, nazioarteko sarbide-proiektuetan parte hartu duten EPIC-XS erabiltzaile askok EPIC-XS instalazioak fisikoki bisitatu dituzte. Erabiltzaileei tokiko prestakuntzak etorkizuneko ikerketa-ibilbideetan lagunduko die. Azkenik, baina ez gutxienez, EPIC-XS bazkideek lagundu dute, eta laguntzen jarraituko dute, mota guztietako konferentzia, tailer, sinposio eta ate irekietan, publiko orokorrarekin harremanetan jartzeko.
- UNIVERSITEIT UTRECHT (UU)
Lotutako proiektuak
