H2020 HoloRuminant Proiektua: Hausnarkarien holobionteen mikrobiomak ulertzea
- Mota Proiektua
- Egoera Firmado
- Exekuzioa 2021 -2026
- Esleitutako Aurrekontua 9.724.763,75 €
- Eremua Europeo
- Finantza-iturri nagusia Horizonte 2020
- Proiektuaren webgunea Proyecto HoloRuminant
Behiak, ardiak eta ahuntzak bezalako hausnarkari espezieek gorputzeko mikrobioen menpe daude funtsezko funtzioetarako eta ingurunearekin elkarreragiteko. Hausnarkari ostalariaren mikrobiomaren, holobiontearen, arteko lotura da hausnarkarien garapenean, hazkuntzan, osasunean eta ingurumen-aztarnan eragina duen unitate biologikoa.
EBk finantzatutako HoloRuminant proiektuaren helburu nagusia mikrobiomak animalien osasunean eta ekoizpen-eraginkortasunean duen eginkizuna aztertzea da. Ikertzaileek multi-omika ikuspegi bat erabiliko dute mikrobioma eta ostalaria aztertzeko, baita haien arteko elkarrekintzak hausnarkarien bizitzako etapa garrantzitsuetan duen eragina ere. Azken helburua ekoizpen-eraginkortasunaren, osasunaren eta ongizatearen igoerarekin lotutako hausnarkariekin lotutako mikrobiomak karakterizatzea eta identifikatzea da.
Jarduera-prozedura estandarrak dituen dokumentu dinamiko bat sortu da. Hausnarkariekin lotutako mikrobiomari buruzko datuak identifikatu dira bateratzeko; eta lan-fluxuak eta baliabide konputazionalak garatzen ari dira. Gaizki lagindutako mikrobioetatik datu genomiko berriak sortzen hasi da, eta sekuentziaziorako lehentasunezko espezieen zerrenda bat garatu da. Datu berriak eta daudenak bateratzeko, lan-fluxu eta algoritmo konputazional berriak garatzen ari dira. Naturalki jaiotako txahalen eta zesareaz jaiotakoen mikrobiomak alderatu dira. Emaitzek hausnarkari gazteen digestio-aparatuan mikrobio onuragarrien ezarpen goiztiarra sustatzeko potentziala nabarmendu zuten eta mikrobio-espezie askok ostalaria kolonizatzen dutela bizitzako lehen etapetan baieztatu zuten. Ikerketa bat egin zen bizitzako hasierako beherakoaren intzidentzia eta txahalen gorotz-mikrobioman duen eragina aztertzeko. Beste ikerketa batean, erditze-protokoloek (amarekin geratzea edo jaiotzean kentzea) eta esne-ordezko elikadura-mailek (ohikoa edo intentsiboa) hainbat gunetako osasunean, errendimenduan eta mikrobiometan duten eragina aztertzen ari dira gaur egun.
Garraio-azterketa bat amaitu da (txahalak Frantziako jatorrizko ustiategitik Espainiako iparraldeko ustiategi komertzial batera garraiatu ziren). Ama-txahalaren arteko lotura ikertzeko, arkume hirukoitzekin ikerketa bat egiten ari dira.
Jaio ondoren, bildotsak 3 taldetan banatu ziren:
- Amaren aldekoa.
- Artifiziala helduekin kontakturik gabe.
- Artifiziala, helduekin noizbehinkako kontaktuarekin.
Behi Arnas Gaixotasunen bi erronka-ikerketetan txahalen laginketa amaitu da. Mastitisaren ikerketetan, LAB anduien babes-propietateak aztertzen ari dira zelulak Staphylococcus aureus patogenoarekin kontaktuan jartzen direnean. Honek aztertuko du LABen presentziak patogenoaren aurrean ostalariaren erantzun genetikoa aldatzen duen ala ez. Garai honetan, digestio-ahalmeneko mikrobiomen zeregina ikertzen ari dira esne- eta haragita-behietan. Lagin bilketa amaitu da eta analisiak martxan dira. Mikrobiomak elikadura-eraginkortasunean duen eginkizuna ere ebaluatzen ari da, janari-kontsumo hondar dibergentea duten idietatik lortutako laginak erabiliz, larrerik gabeko dieta edo dieta kontzentratua eman zitzaien.
Metanoa arintzeko ikerketak burutu dira, olio eta gantzekin egindako dieta-osagarriek metanoaren ekoizpenean dituzten ondorioak aztertuz oinarrizko dieta, abeltzaintza arraza eta kokapen geografiko askotan. Zabalkunde, Hedapen eta Prestakuntza Plan bat garatu zen, eta horrek webgunearen diseinua, proiektuaren identitatea duen komunikazio pakete bat eta HoloRuminant-en sare sozialetako kanalen abiarazpena barne hartzen ditu. Mikrobiomen eta epigenetikaren arloko hainbat proiektu biltzen dituen Zabalkunde Sare Bateratu bat sortu da.
Hausnarkarien ekoizpenaren iraunkortasuna gizartearentzat kezka-gaia da, ingurumenean, ekonomian eta elikagaien segurtasunean dituen ondorioengatik. Ostalariaren mikrobiomak funtsezko zeregina du hausnarkarien ekoizpen-sistemen osasunean, ongizatean eta ingurumen-eraginkortasunean. Hala ere, dagoeneko eskuragarri dagoen informazioa izan arren, ez dugu ezagutza nahikorik hausnarkarien fenotipoetan mikrobioen eraginaren kausak eta mekanismoak zehatz-mehatz lotzeko.
Hau horrela da, animalien eta haien mikrobioma desberdinen arteko elkarrekiko lotura eta komunikazioa ez baita inoiz sakonki eta modu integratuan aztertu. Proiektuaren helburua hausnarkariekin lotutako mikrobiomen zeregina eta ostalariaren eta bizitzako hasierako etapetan eta bizitzako gertaera garrantzitsuetan duten elkarrekintza argitzea da. HoloRuminant-ek ikuspegi multiomiko holistiko bat erabiliko du gorputzeko atal desberdinetako mikrobiomen eskurapena eta bilakaera, haien heredentzia eta ostalariaren gaixotasunekiko erresistentzian eta ingurumen-ekoizpenaren eraginkortasunean duten eragina karakterizatzeko.
Zehazki, mikrobiomen funtzioak zehaztuko ditugu mikrobioen, ostalariaren eta haien arteko elkarrekintzaren inguruko maila anitzeko informazioa konbinatuz; Mikrobiomen eginkizuna definituko dugu bizitzako etapa zailetan, hala nola, jaiotza inguruko fasean, titia kentzean eta patogenoen eraginpean egon ondoren; eta hausnarkarien mikrobiomek ekoizpen iraunkorrerako, osasunerako eta ongizaterako funtsezkoak diren fenotipoetan duten eragina ebaluatuko dugu. Horri esker, intereseko fenotipoak monitorizatu, aurreikustu eta hautatzeko markatzaile mikrobiano berriak identifikatu ahal izango dira.
Abeltzaintzako balio-kateko interesdunak inplikatuz, proposatutako berrikuntzen eragin sozioekonomikoa eta onargarritasuna ebaluatuko ditugu interesdunen eta publikoaren artean. HoloRuminant-ek metodologia oso berritzaileak eta estandarizatuak eskainiko ditu, hausnarkari holobionteen inguruko gure ulermena erabat hobetuko dutenak. Ezagutza honek eta sortutako tresnek mikrobioman oinarritutako diagnostikoak eta irtenbideak erabiltzea ahalbidetuko dute hausnarkarien iraunkortasuna hobetzeko.
Hausnarkarien ekoizpenaren iraunkortasuna kezka-gaia da gizartearentzat, ingurumenean, ekonomian eta elikagaien segurtasunean dituen ondorioengatik. Ostalariarenkin lotutako mikrobiomek funtsezko zeregina dute hausnarkarien ekoizpen-sistemetako osasunean, ongizatean eta ingurumen-eraginkortasunean. Hala ere, dagoeneko eskuragarri dagoen informazioa izan arren, ez dugu ezagutza nahikorik hausnarkarien fenotipoetan mikrobioen eraginaren kausak eta mekanismoak zehatz-mehatz lotzeko. Hau horrela da, animalien eta haien mikrobioma desberdinen arteko elkarrekiko lotura eta komunikazioa ez baita inoiz sakonki eta modu integratuan aztertu.
Proiektuaren helburua hausnarkariekin lotutako mikrobiomen zeregina eta ostalariaren eta bizitzako hasierako etapetan eta bizitzako gertaera garrantzitsuetan duten elkarrekintza argitzea da. HoloRuminant-ek ikuspegi multiomiko holistiko bat erabiliko du gorputzeko atal desberdinetako mikrobiomen eskurapena eta bilakaera, haien heredentzia eta ostalariaren gaixotasunekiko erresistentzian eta ingurumen-ekoizpenaren eraginkortasunean duten eragina karakterizatzeko. Zehazki, mikrobiomen funtzioak zehaztuko ditugu mikrobioen, ostalariaren eta haien arteko elkarrekintzaren inguruko maila anitzeko informazioa konbinatuz; Bizitzako aldi zailetan mikrobiomen funtzioak definitzea, hala nola, jaiotza-ingurunean, titia kentzean eta patogenoen eraginpean egon ondoren; eta hausnarkarien mikrobiomek ekoizpen iraunkorrerako, osasunerako eta ongizaterako funtsezkoak diren fenotipoetan duten eragina ebaluatu.
Horri esker, intereseko fenotipoak monitorizatu, aurreikustu eta hautatzeko markatzaile mikrobiano berriak identifikatu ahal izango dira. Abeltzaintzako balio-kateko interesdunak inplikatuz, proposatutako berrikuntzen eragin sozioekonomikoa eta onargarritasuna ebaluatuko ditugu interesdunen eta publikoaren artean. HoloRuminant-ek metodologia estandarizatuak eta oso berritzaileak eskainiko ditu, hausnarkari holobionteen inguruko gure ulermena erabat hobetuko dutenak. Ezagutza honek eta sortutako tresnek mikrobioman oinarritutako diagnostikoak eta irtenbideak erabiltzea ahalbidetuko dute hausnarkarien iraunkortasuna hobetzeko.
Aurrerapen teknikoari esker, 200 genoma metagenomikoki muntatu (MAG) baino gehiago sortu ahal izan dira, oraindik landu ez diren organismoentzako rrn operoi osoak dituztenak. Kalitate handiko (HQ) MAG konektatu hauek emaitza esanguratsua dira eta, modu itxaropentsuan, HQ-MAG hauek publikoki eskuragarri dauden 16S inbentarioekin lotzeko aukera ematen digute. Gainera, gure HQ-MAG inbentarioetako informazio genomiko funtzionala aurreko Europako proiektuetako ikerketa zabalago eta sakonagoekin lotzeko aukera emango digute, eta horrela, hausnarkarien mikrobiota hereditarioaren karakterizazio funtzionalari lagunduz. Konputazio-algoritmo berritzaile baten lehen bertsioa garatu zen, anplikon-irizpide desberdinen datu-multzo anitzen bateratze egonkorra (taxonomiarik gabekoa) eta eskalagarria ahalbidetzen duena, eta datu genomikoen eta mikrobioma-datuen (16S, genomak landuak eta MAG) arteko erreferentzia gurutzatuak eginez lotzea ahalbidetzen duena.
Hainbat herrialdetan ikerketa longitudinal handi bat egiten ari da hausnarkarien kolonizazioa mikrobio-komunitateek, haien denbora-egonkortasuna eta gaixotasunen intzidentziarekin eta produktibitate-ezaugarriekin duten lotura ulertzeko.
Datu hauek ikertzeak garapen-etapa eta osasun-ezaugarri desberdinetarako biomarkatzaile mikrobianoak identifikatzea ahalbidetuko du, eta, agian, probiotikoak garatzea. Osasunean eta gaixotasunean mikrobiomek duten eginkizuna ebaluatzen duen lehen ikerketa amaituaren emaitzek erakusten dute Behi Arnas Sintzitial Birusaren (BRSV) txahalengan izandako inpaktuak desberdintasunak eragin zituela txahal infektatuen eta infektatu gabekoen artean, eta horrek iradokitzen du BRSV infekzioak sudurreko mikrobiomaren disbiosia eragiten duela.
Emaitza eta garapen horiek guztiek hausnarkarien nekazaritzaren mikrobiomak eragindako gizarte-kezkak hobeto ulertzen lagun dezakete, besteak beste, berotegi-efektuko gasen isurketak, baliabideen erabilera eta ekoizpen-eraginkortasun orokorra.
Mikrobiomarekiko benetako interesa zuten eta ikerketaren emaitzak ahalik eta azkarren jasotzeko irrikitan zeuden interesdunen iritzi esanguratsuak bildu ziren. Animalia gazteengan mikrobiota egokia ezartzearen garrantzia ondo ulertzen zen, eta arlo honetako berrikuntzak oso interesgarritzat jo ziren. Interesdunek ebidentzia zientifiko sendoak espero zituzten praktikek ekoizpen-parametroetan eta osasunean, produktuen kalitatean eta segurtasunean, ingurumenean eta ekosistemen iraunkortasunean duten eraginari buruz. Abeltzaintzako ekoizleentzat, mikrobiomaren modulazioa bezalako berrikuntzak sustatzeak pizgarri ekonomikoak, haien ezagutzak eta jarrerak, eta haien parekoen eta aholkularien eragina kontuan hartu behar ditu.
- INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT (INRAE)
Lotutako proiektuak
