Proxecto H2020 Plant.ID: Identificación molecular de plantas

Os datos de secuenciación masiva de ADN proporcionan novos coñecementos sobre a biodiversidade a varias escalas diferentes. A niveis filoxenéticos superficiais, permítenos descubrir liñaxes a nivel de poboación e, polo tanto, desenvolver aínda máis un modelo filoxenético que teña en conta os fenómenos a nivel de poboación, así como a migración de alelos entre poboacións.

• No WP1, os desenvolvementos teóricos e experimentais neste campo foron revisados, desenvolvidos e probados pola ESR 1 empregando especies de Silene ártica. As mostras de herbario proporcionan aos científicos material vexetal para estudos filoxenéticos. O ESR3 empregou este tipo de datos para avaliar a delimitación de especies, así como patróns filoxenéticos máis profundos no xénero hemiparasito Euphrasia. Noutro nivel, a secuenciación masiva de ADN recollido de mostras de solo permite aos científicos identificar a diversidade taxonómica para avaliar con precisión a renovación e os gradientes ecolóxicos tanto a escala espacial como temporal, algo ao que contribuíu a ESR 2 usando ADN de plantas recollido de mostras de solo. A metacodificación de ADN é un método de investigación desenvolvido para a avaliación da biodiversidade a partir de substratos que conteñen ADN. Para a identificación de plantas é moi prometedor, pero necesítanse desenvolver máis marcadores para unha identificación precisa das especies.
• Os ESR do WP2 traballaron no desenvolvemento e proba de novas abordaxes para avaliar a diversidade molecular das plantas que van máis alá da secuenciación baseada en amplicóns e, no seu lugar, empregan a secuenciación por escopeta, a metaxenómica, a intelixencia artificial e a aprendizaxe automática. Estes métodos permiten a identificación precisa e a cuantificación relativa das especies vexetais en substratos e melloran a capacidade de examinar, autenticar e controlar tales substratos, incluídos suplementos de herbas, produtos alimenticios, trampas de pole, sedimentos do solo, mostras de auga e madeira. Os datos de secuenciación do xenoma están codificados con metabarras, xa que evita o sesgo de amplificación e permite a cuantificación dos constituíntes.
• Polo tanto, o WP3 tiña como obxectivo desenvolver novas abordaxes xenéticas e moleculares para a identificación de plantas. Cada proxecto continuou a supervisar o traballo realizado durante o primeiro período de presentación de informes e fixo un seguimento dos obxectivos establecidos no segundo ciclo de presentación de informes. Con este fin, desenvolvéronse métodos químicos e moleculares para a planta medicinal de importancia historica, a árbore da cinchona. Desenvolvéronse paneis de cebo de captura de obxectivos personalizados para o aloe vera, que é de valor comercial, o que levou ao maior conxunto de datos producido ata a data sobre os valores dos isótopos de carbono dos aloes. Desenvolveuse a captura de obxectivos e a secuenciación metaxenómica de mostras comerciais de po de salep de provedores e mercados en liña para probar a súa composición e procedencia. Probouse unha serie de ferramentas bioinformáticas contra unha poboación de begonias cunha composición xenética coñecida co fin de establecer fluxos de traballo para analizar begonias a partir de radiacións de diferentes especies. Cada vez máis organizacións aplican de forma rutineira técnicas baseadas no ADN para fins de seguimento e avaliación da calidade. En canto á identificación de plantas, as aplicacións personalizadas para os usuarios finais da sociedade aínda están nos seus inicios.
• Polo tanto, todos os proxectos de ESR do WP4 tiveron como obxectivo desenvolver solucións para presentar resultados de investigación que fosen fáciles de interpretar para os usuarios finais. Así, analizáronse mostras de madeiras duras africanas importantes para o comercio mediante ESR12, o que deu lugar a novos marcadores para discriminar entre as que poden comercializarse legalmente e as que si o son. A ESR13 desenvolveu unha nova canle bioinformática para analizar o nivel de adulteración en herbas e alimentos medicinais. A ESR14 desenvolveu métodos para comprender a xeografía histórica e a liñaxe de importantes plantas medicinais en África. A ESR15 desenvolveu métodos de IA para analizar o ébano comercializado e identificar as especies protexidas das que non. Este traballo difundiuse a través de 42 presentacións orais e en póster, 11 artigos en revistas revisadas por pares e chegou a 6.800 membros da comunidade científica. Os esforzos de divulgación que empregan diversas formas de difusión tamén permitiron chegar a 470.000 membros do público en xeral.