Proxecto H2020 Plant.ID: Identificación Molecular de Plantas

Os datos masivos de secuenciación de ADN proporcionan novos coñecementos sobre a biodiversidade a varias escalas diferentes. A niveis filoxenéticos pouco profundos, ofrécenos a capacidade de descubrir liñaxes a nivel poboacional e así desenvolver aínda máis un modelo filoxenético que teña en conta os fenómenos a nivel poboacional así como a migración de alelos entre poboacións.

• No WP1, os desenvolvementos teóricos e experimentais neste campo foron revisados e desenvolvidos e probados por ESR 1 utilizando especies de sileno ártico. Os exemplares de herbario proporcionan aos científicos material vexetal para estudos filoxenéticos. ESR3 utilizou este tipo de datos para avaliar a delimitación de especies así como patróns filoxenéticos máis profundos no xénero hemiparasitario Euphrasia. Noutro nivel, a secuenciación masiva de ADN recollido a partir de mostras de solo permite aos científicos identificar a diversidade taxonómica para avaliar con precisión a rotación ecolóxica e os gradientes tanto a escala espacial como temporal, algo que ESR 2 contribuíu a utilizar o ADN das plantas recollidas a partir de mostras de solo. A metabarcodificación do ADN é un método de investigación desenvolvido para a avaliación da biodiversidade a partir de substratos que conteñen ADN. Para a identificación das plantas é moi prometedor, pero hai que desenvolver máis marcadores para a identificación precisa das especies.
• Os ESR de WP2 traballaron no desenvolvemento e proba de novos enfoques para avaliar a diversidade molecular das plantas que van máis aló da secuenciación baseada en amplicóns e, no seu lugar, usan a secuenciación de escopetas, a metaxenómica, a intelixencia artificial e a aprendizaxe automática. Estes métodos permiten a identificación precisa e a cuantificación relativa das especies vexetais nos substratos, e melloran a capacidade de examinar, autenticar e controlar tales substratos, incluíndo suplementos de herbas, produtos alimenticios, trampas de pole, sedimentos do solo, mostras de auga e madeira. Os datos de secuenciación do xenoma están codificados por metabarras, xa que evitan o sesgo de amplificación e permiten a cuantificación dos constituíntes.
• Polo tanto, o WP3 tiña como obxectivo desenvolver novos enfoques xenéticos e moleculares para a identificación de plantas. Cada proxecto seguiu facendo un seguimento dos traballos realizados durante o primeiro período de memoria e fixo un seguimento dos obxectivos marcados no segundo ciclo de memoria. Para iso, desenvolvéronse métodos químicos e moleculares para a planta medicinal de importancia histórica, a quina. Desenvolvéronse paneis de cebo de captura de obxectivos personalizados para o Aloe comercialmente valioso, o que leva ao maior conxunto de datos producido ata a data sobre os valores de isótopos de carbono do aloe. Desenvolveuse a captura de obxectivos e a secuenciación metaxenómica de mostras comerciais de salesp en po de provedores e mercados en liña para probar a súa composición e procedencia. Probáronse unha serie de ferramentas bioinformáticas contra unha poboación de begonia cunha composición xenética coñecida co fin de establecer fluxos de traballo para analizar a begonia a partir de radiacións de diferentes especies. Cada vez son máis as organizacións que aplican rutineiramente técnicas baseadas no ADN con fins de seguimento e avaliación da calidade. En canto á identificación de plantas, as aplicacións a medida para os usuarios finais na sociedade aínda están na súa infancia.
• Polo tanto, todos os proxectos de ESR do WP4 tiñan como obxectivo desenvolver solucións para presentar resultados de investigación que fosen fáciles de interpretar para os usuarios finais. Así, por ESR12 analizáronse mostras de frondosas africanas importantes no comercio, o que deu lugar a novos marcadores para discriminar entre os que se poden comerciar legalmente e os que o son. ESR13 desenvolveu unha nova pipelina bioinformática para analizar o nivel de adulteración en herbas medicinais e alimentos. ESR14 desenvolveu métodos para comprender a xeografía histórica e a liñaxe de importantes plantas medicinais en África. ESR15 desenvolveu métodos de IA para analizar o ébano comercializado e identificar as especies protexidas das non protexidas. Este traballo foi difundido a través de 42 presentacións orais e póster, 11 artigos en revistas revisadas por pares e chegou a 6.800 membros da comunidade científica. Os esforzos de divulgación mediante diversas formas de difusión tamén deron como resultado chegar a 470.000 membros do público en xeral.