Projet AGROALNEXT SANTÉ DES SOLS : Application de la métagénomique à la caractérisation des sols d’usages différents

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Portée Autonómico
Communauté autonome Asturias, Principado de
Principale source de financement NextGenerationEU
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Description

Analyse par métabarcoding d'échantillons de sol utilisés pour la culture de différentes légumineuses et application de nouvelles techniques de détection des micro-organismes pathogènes du sol

Description contextuelle

Le défi consistait à comprendre l'impact de la gestion de la culture biologique (écologique) et conventionnelle sur le microbiote associé à la rhizosphère du haricot commun (Phaseolus vulgaris L.) en appliquant la technique de métabarcoding à des échantillons de rhizosphère provenant des deux systèmes de culture et en étudiant la diversité bactérienne (16S) et fongique (ITS).

Résultats

Des différences ont été observées dans la rhizosphère du haricot selon les pratiques culturales : la culture biologique a favorisé la diversité fongique et les taxons aux fonctions bénéfiques, tandis que la culture conventionnelle a favorisé la diversité bactérienne. Ces résultats ont été présentés au XXe Congrès international sur les interactions plantes-microorganismes. En collaboration avec un autre projet (INCREASE), 33 amorces ont été développées pour identifier Colletotrichum, Pseudocercospora, Xanthomonas et Fusarium, optimisées par PCR conventionnelle, ce qui représente une avancée significative dans le diagnostic moléculaire des pathogènes.

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