Proyecto H2020 COMPARE: Plataforma de gestión colaborativa para la detección y análisis de brotes (re)emergentes y de transmisión alimentaria en Europa

Hace poco más de cinco años, un consorcio de 29 socios, procedentes de campos científicos muy diferentes, se reunió para recopilar muestras, secuenciar muestras, compartir los datos y los metadatos de la secuencia, y analizar/visualizar los datos, todo ello dentro de un "patio de recreo" seguro. Cada área vino con su propia perspectiva, vocabulario, formas de trabajar y prejuicios. Al final de este gran experimento llamado 'COMPARE', hemos demostrado, no solo dentro del Consorcio, sino también más allá de sus límites, que, al menos hasta cierto punto, se puede determinar una preparación común de muestras y laboratorio, un centro de datos seguro con múltiples formas de cargar secuencias, así como metadatos, puede ser creado y utilizado por varios tipos de usuarios. y que la combinación de datos pueda visualizarse en información de acción y utilizarse para la detección, vigilancia y seguimiento de infecciones clínicas, brotes transmitidos por alimentos y enfermedades infecciosas emergentes. 

Durante las fases iniciales de COMPARE, se dedicaron grandes esfuerzos a la preparación, evaluación y comparación de protocolos para el muestreo y la generación de datos de secuenciación, así como a la creación de infraestructuras informáticas y flujos de trabajo bioinformáticos que permitieran el almacenamiento y el análisis seguros de los datos de secuenciación. Estas infraestructuras se pusieron a prueba utilizando diferentes estudios de la vida real centrados en la microbiología clínica, las infecciones transmitidas por los alimentos y las enfermedades infecciosas emergentes. La mayoría de los estudios piloto involucraron a un solo organismo, pero algunos cumplieron el objetivo final de combinar todos los dominios de la vida. 

Además, hemos explorado el potencial económico de incluir la secuenciación de próxima generación en el diagnóstico, la vigilancia y la detección de brotes, así como las barreras políticas, legales, éticas y de otro tipo para el intercambio rápido de datos de secuenciación, y también hemos sido una voz global y defensora del intercambio de datos en beneficio de la salud pública. Además de un gran número de conquistas científicas, documentadas por muchas publicaciones científicas, COMPARE ha establecido flujos de trabajo estándar, protocolos, pruebas de anillo, centros de intercambio de datos y canales bioinformáticos que, tanto durante el proyecto como en los años venideros, han sido y serán utilizados por otros científicos involucrados en la secuenciación de próxima generación. Un componente clave del proyecto ha sido la exploración profunda de las barreras para el intercambio de datos, tal como lo ven los científicos y los usuarios finales de los datos, y ha llevado a un código de conducta y modelos de gobernanza acordados que se han presentado mucho más allá de COMPARE. 

Por lo tanto, el proyecto COMPARE y las soluciones establecidas han supuesto un cambio en el panorama y vemos una gran demanda de herramientas, infraestructuras y centros de datos más allá.